З перших днів свого правління військовий режим оголосив стан «внутрішньої війни». Генерал Піночет заявив: «З усіх наших ворогів головним і найбільш небезпечним є комуністична партія. Ми повинні зруйнувати її зараз, поки вона реорганізується по всій країні. Якщо нам це не вдасться, вона рано чи пізно знищить нас ». Були засновані військові трибунали, що замінили цивільні суди, створені таємні центри тортур (Londres 38, Колонія Дігнідад, ВіллаГрімальді) кілька концтаборів для політв'язнів. Значну роль у перші місяці репресій грали військові розвідслужби: армійська розвідка, військово-морська розвідка, розвідка військово-повітряних сил і розвідка корпусу карабінерів. Проте незабаром для лідерів режиму стало ясно, що органи військової розвідки не справляються з поставленими завданнями.
У серпні 1987 був прийнятий закон про політичні партії, що ще більше погіршило імідж режиму за кордоном. Після цього частина опозиції перейшла на бік Піночета.
До грудня 1974 Піночет залишався главою військової хунти, а вже з грудня 1974 р. по березень 1990 р. перебував на посаді президента Чилі, будучи одночасно головнокомандувачем збройними силами країни. З часом, він зумів зосередити у своїх руках всю повноту влади, усунувши всіх своїх конкурентів - генерал Густаво Лі отримав відставку, адмірал Меріно з часом був позбавлений будь-якої влади, міністр внутрішніх справ генерал ОскарБонілья загинув в авіакатастрофі при нез'ясованих обставинах. Влітку 1974 був прийнятий закон «Про юридичний статус урядової хунти», в якому генерал Піночет проголошувався верховним носієм влади. Він був наділений широкими повноваженнями, в тому числі правом одноосібно оголошувати стан облоги, схвалювати або скасовувати будь-які закони, призначати і зміщувати суддів. Його влада не обмежувалася ні парламентом, ні політичними партіями. Ще 21 вересня 1973 року, згідно з президентським декретом-закону, був розпущений Національний Конгрес Чилі, як було заявлено, внаслідок неможливості «дотримуватися в даний час законодавчі вимоги, які пред'являються до встановленої процедури прийняття законів».
На плебісциті 5 жовтня 1988, як показали підрахунки, близько 55 відсотків виборців віддали свої голоси проти диктатора. За надання Піночету можливості перебувати на чолі Чилі ще 8 років висловилося понад 43 відсотків виборців. Однак, цей в іншій ситуації втішний факт (підтримка більш ніж 3 мільйонів чилійців!) Цього разу не задовольнив диктатора. Не визнати переваги голосів на користь опозиції було вже не можна. Через два тижні після плебісциту був зміщений зі свого поста близький друг і соратник Піночета - СерхіоФернандес, який був оголошений мало не головним винуватцем втрати перемоги. Разом з Фернандесом голова хунти змістив ще вісім міністрів, провівши тим самим велику чистку в уряді. Виступаючи по радіо і телебаченню, Піночет оцінив підсумки голосування як «помилку чилійців», проте заявив, що визнає вердикт виборців і буде поважати результати голосування.
У серпні 1980 відбувся плебісцит за проектом конституції. «За» було подано 67 відсотків голосів, проти - 30 відсотків. З березня 1981 конституція набрала чинності, проте здійснення її основних статей - про вибори, конгресі і партіях - відкладалося на вісім років. Аугусто Піночет без виборів був оголошений «конституційним президентом на вісім років з правом переобрання на наступні вісім років».
На 5 жовтня 1988 був призначений проміжний плебісцит, передбачений конституцією 1980. Після оголошення про майбутнє плебісциті голова хунти запевнив майбутніх виборців, що всі політичні сили, включно з опозиційними, отримають право контролювати хід голосування. Влада скасували надзвичайний стан, дозволили повернутися в країну колишнім депутатам і сенаторам, керівникам деяких лівих партій і профспілок, оголошеним раннє «державними злочинцями». Було дозволено повернутися в Чилі і Ортенсіі Буссе - вдові Сальвадора Альєнде. 30 серпня члени хунти, після недовгих дебатів, одноголосно назвали кандидатом у президенти Аугусто Піночета, самому Піночету залишалося лише погодитися. Його призначення єдиним кандидатом викликало вибух обурення в Чилі. У зіткненнях з карабінерами загинули 3 людини, 25 отримали поранення, 1150 демонстрантів були арештовані. Опозиційні сили країни до моменту проведення плебісциту консолідувалися, діяли більш рішуче і організовано. На заключний мітинг на Панамериканському шосе зібралося більше мільйона людей - це була сама масова маніфестація за всю історію Чилі. Коли опитування громадської думки стали пророкувати перемогу опозиції, Піночет став проявляти явні ознаки занепокоєння. Щоб залучити виборців, він оголосив про підвищення пенсій і зарплат службовцям, знизив ціни на хліб і цукор, пообіцяв роздати селянам ті землі, які поки що належать державі.
У сфері економіки Піночет вибрав найбільш жорсткий і радикальний шлях « чистої »транснаціоналізації. «Чилі - країна власників, а не пролетарів» - повторював диктатор. Навколо нього склалася група чилійських економістів, багато з яких навчалися у Чикаго під керівництвом Нобелівського лауреата професора Фрідмана і професора Арнольда Харбергера. Вони розробили стосовно Чилі програму переходу до вільної ринкової економіки. СамФрідман надавав великого значення чилійському експерименту і неодноразово відвідував країну.
У 1978 Піночет провів референдум про довіру до себе і отримав 75 ??відсотків голосів на свою підтримку. Оглядачі назвали це великою політичною перемогою Піночета, чия пропаганда вміло використала антиамериканізм чилійців, їх відданість таким цінностям, як гідність нації і суверенітет. Втім, не виключалася можливість фальсифікації з боку режиму.
Незабаром після перевороту Піночет заявив, що збройні сили залишаються вірні своєму професійному обов'язку, що тільки почуття патріотизму, а також (цитата із заяви Піночета) «марксисти і обстановка в країні »змусили їх взяти владу в свої руки, що« як тільки спокій буде відновлено, а економіка виведена зі стану колапсу, армія повернеться в казарми ". Генерал навіть встановив термін для реалізації цих цілей - близько 20 років, після чого Чилі повернеться до демократії.
У січні 1974 починає створюватися єдиний національний розвідувальний орган. Спочатку був утворений Національний виконавчий секретаріат у справах ув'язнених, а влітку того ж року - Управління національної розвідки (ДІНА). У число її завдань входило збирання та аналіз інформації, необхідної для забезпечення національної безпеки, а також фізичне знищення опозиціонерів режиму. До середини 70-х років ДІНА налічувала до 15 тисяч співробітників. Мішенню нової секретної служби в ході ініційованої нею операції «Кондор» стали перебували в еміграції супротивники військового уряду. Першою жертвою став генерал КарлосПратс, який проживав в Аргентині. 30 вересня 1974 він разом з дружиною був підірваний у власному автомобілі прямо в центрі Буенос-Айреса. Потім почалося полювання за колишнім міністром оборони в уряді Альєнде соціалістом Летельера, який критикував військовий режим з-за кордону. 11 вересня 1976 він був оголошений «ворогом нації» і позбавлений чилійського громадянства, а рівно через 10 днів убитий агентами ДІНА у Вашингтоні. У серпні 1977 Піночет видав указ про формальне розпуск ДІНА, на базі цієї організації було створено Національний інформаційний центр (СПІ). Як і ДІНА, новий орган безпосередньо підпорядковувався Аугусто Піночета.
У 1985 - початку 1986 після короткочасного підйому економічна ситуація в країні знову погіршилася. Тоді ж Піночет відмовився розглядати «Національну угоду про перехід до демократії». На початку липня 1986 в Чилі пройшла загальний страйк.
7 вересня 1986 Патріотичним Фронтом ім. Мануеля Родрігеса було скоєно напад на диктатора, але воно не увінчалося успіхом. Пропустивши ескорт мотоциклістів, партизани перекрили дорогу лімузину президента вантажівкою з причепом і відкрили вогонь. Партизан підвело зброю - спочатку гранатомет дав осічку, потім після другого пострілу граната пробила скло, але не вибухнула. У ході нападу загинули п'ятеро охоронців генерала. Сам він назвав «перстом Всевишнього» те, що йому вдалося залишитися неушкодженим. «Бог врятував мене - заявив він - щоб я і далі міг боротися в ім'я батьківщини». За його наказом розбиті і обгорілі машини президентського кортежу були виставлені на загальний огляд.
