У 1947 році на Ленфільмі було знято художній фільм «Пирогов».
Мурманський медичний центр носить його ім'я.
На обкладинці Військово-медичного журналу поміщається зображення Н. І. Пирогова.
У Новосибірському Академмістечку вулиця Пирогова - це одна з головних вулиць, на якій розташовані університет, фізматшколах та гуртожитки.
Ім'я М. І. Пирогова носив 2-й Московський державний медичний інститут до його перетворення в 1991 році в Російський державний медичний університет ( РГМУ)
Бюст Пирогова біля входу в будівлю Філії «Луньов» Московської МКЛ № 1 ім. М. І. Пирогова розташованого в селі Луньов Сонячногірського району Московської області.
У Москві 1 ДКБ носить ім'я М. І. Пирогова, Ленінський проспект 8.
У Москві ім'ям М. І . Пирогова названі дві вулиці. У районі Великої і МалоїПироговських вулиць в Москві зосереджені навчальні та адміністративні корпуси, а також клінічні бази РГМУ і ПМГМУ ім. І. М. Сєченова. Його ім'ям названа Школа.
Пам'ятник в Москві
Пам'ятник у Санкт-Петербурзі (Заміський просп. 47 - біля Військово-Медичної Академії)
У Тамбові його ім'ям названа вулиця в центрі міста.
У П'ятигорську є будівля, що носить назву «Пироговські ванни», де отримували бальнеолікування за методом, розробленим Н. І. Пироговим. Ця лікарня функціонує і нині. На її стіні бронзовий профіль Пирогова.
На честь Миколи Пирогова названий астероїд 2506 Pirogov.
Ім'я М. І. Пирогова носить Національний медико-хірургічний центр з клінічними підрозділами в Москві, Туапсе і Мурманську.
У Санкт-Петербурзі Пироговська набережна - набережна Великий Невки від Літейного до Гренадерського моста. На набережну виходять фасади Військово-Медичної Академії
У Вологді, у Находці, в Новосибірську, в Чебоксарах, у Воронежі, Ставрополі, Єкатеринбурзі, Тюмені, Комсомольську-на-Амурі, Рязані є вулиця Пирогова.
В Оренбурзі ім'я М. І. Пирогова носить одна з міських лікарень.
На Україну
В Одесі існує вулиця і провулок Пироговські, названі на честь великого вченого.
Зображення на полотні Панорами Першої Оборони Севастополя;
У Саках на честь Пирогова названий військовий санаторій, перед входом до якого встановлений пам'ятник.
На честь М. І. Пирогова названий Вінницький національний медичний університет - ВНМУ ім. М. І. Пирогова;
Вулиця Пирогова в Києві проходить від станції метро «Університет» до вулиці Богдана Хмельницького;
Санаторій ім. М. І. Пирогова розташований в парковій зоні північно-східній частині м. Одеси, на березі в 13 км від центру міста.
У Сімферополі кілька меморіальних дощок на будинках, де в роки Кримської війни розміщувалися госпіталі, в яких працював Пирогов.
Бюст Пирогова на будівлі Панорами оборони Севастополя;
Пам'ятник у Дніпропетровську (вул. Комсомольська, біля колишнього військового шпиталю).
В межі Вінниці в с. Пирогово розташована садиба Пирогова, в півтора кілометрах від якої знаходиться церква, де знаходиться забальзамоване тіло М. І. Пирогова (Мавзолей Пирогова);
Бюст Пирогова біля входу в будівлю 1 міської лікарні Луганська
Міська лікарня № 1 Севастополя носить ім'я Миколи Івановича Пирогова;
Ім'я М. І. Пирогова носив Одеський медичний інститут (зараз Одеський національний медичний університет);