Взимку 1937 року був заарештований співробітниками НКВС міста Моздок як «диверсант». Перевірявся на загартованість: при 17 градусах морозу довший час обливали водою з криниці. Через 3 місяці був відпущений з вибаченнями.
Під час війни восени 1942 року Іванов зустрічався з німецьким генералом Паулюсом під час дислокації його штабу в Червоному Сулині. Результатом зустрічі був охоронний документ на німецькій мові, виданий Іванову, за підписом Паулюса. У документі говориться, що Іванов «представляє інтерес для світової науки». Незважаючи на охоронний документ, в листопаді 1942 року Іванов 27 діб випробовувався в дніпропетровському гестапо (закопували голого в сніг, вночі під 22 листопада в сильний мороз возили роздягненим на мотоциклі вулицями Дніпропетровська).
У грудні 1943 року, коли підсумок війни був фактично вирішений наперед, Іванов поїхав до Сталіна з політичною пропозицією укласти мир з Німеччиною. Однак голої людини взимку на вокзалі, який стверджує, що він прибув з політичними вимогами, міліція доставила в Інститут судової психіатрії ім. Сербського, де він перебував близько 100 днів. В Інституті Сербського Іванов розмовляв з професором І. М. Введенським, і запропонував йому взяти на себе місію переговорити зі Сталіним про світ. На що професор відповів, що його (Введенського) за це чи розстріляють, або сюди, в Інститут, самого покладуть.
Пізньої восени 1948 року (23 листопада - 5 грудня), в рік свого 50-річчя та 15-річчя своєї ідеї, Іванов здійснив екстремальний експеримент - прохід від Туапсе до Сочі уздовж берега Чорного моря. У своїх записах і розповідях Іванов стверджував, що починався прохід під час 12-бального шторму на морі, і 12 діб він перебував у природних умовах природи без їжі, одягу та житлового будинку.
25 квітня 1975 Іванов відзначає 1942 своєї ідеї поїздкою великою групою людей на Чувілкіна бугор (місце недалеко від рідного села Оріхівка, з яким Іванов пов'язував початок своєї ідеї). Потім він влаштовує обід в Оріхівці, на який приходить багато односельців. Іванов каже, що на Чувілкіна горбі народиться нова людина (Син), який зіграє велику роль у майбутньому. За словами Іванова та його послідовників народження Сина відбулося 15 липня 1975 року.
4 листопада 1975 - 5 березня 1976 Іванова ізолюють на період роботи XXV з'їзду КПРС, куди він написав звернення і зібрався їхати. Його ссажівают з поїзда, що йде до Москви, і поміщають в Новошахтинськ психіатричної лікарні. Умови утримання у психіатричній лікарні виявилися настільки жорсткими, що Іванов був доведений до стану, близького до смерті. Безперервні прохання родичів і послідовників про звільнення були задоволені тільки на наступний день після закриття з'їзду. Іванов був виписаний під розписку у вкрай важкому стані під опіку Валентині Леонтіївні Сухаревський (найближчою послідовниці Іванова, ще починаючи з 1950-х років) і перевезений на хутір Верхній Кондрючий. Будучи на волі, Іванов через три доби встає на ноги. Лікар Новошахтинськ психлікарні приїжджає засвідчити одужання.
У 1978 році Іванов ставить експеримент по тривалому утримання від їжі і води. Разом з Валентиною Сухаревський вони п'ять місяців обходяться без їжі, з них тривалі терміни часу без води. У цей період у щоденникових записах Іванова з'являються слова, які лягли потім в основу «Гімну» (8 рядків, які у сконцентрованому вигляді, згідно Іванову, висловлюють суть його ідеї).
25 квітня 1979 в день свята ідеї, очікуючи великого напливу послідовників, хутір Верхній Кондрючий, де жив Іванов, був оточений міліцією і закритий приїзд до нього людей. Самого Іванова безстроково садять під домашній арешт (забороняють приймати людей і залишати територію будинку далі 30 метрів). Домашній арешт, що тривав більше 3 років, був скасований після виходу великої статті про П. К. Іванова «Експеримент довжиною в півстоліття» у журналі «Огонек» (№ 8, 1982).
