Відправився в діючу армію під Казань, залишивши в Петрограді молоду дружину з чотиримісячним дитиною.
Прибув станцію Свіяжск і взяв участь у штурмі р. Свіяжска.
Помічник начальника артилерійського постачання Східного фронту. Розшукавши в тупиках заховані вагони з боєприпасами, спорядженням і обмундируванням, врятував від катастрофічного становища війська 5-ї армії.
відряджений до Нижнього Новгорода, на знову сформовану Волзьку військову флотилію в якості флагманського артилериста.
Повернувся в Свіяжск, де за особистим розпорядженням наркомвійськмора Л. Д. Троцького зайнявся «приведенням до ладу» відступаючих частин Червоної Армії. На чолі карального загону роззброював відступали частини, розстрілюючи кожного десятого.
Командир збройного пароплава № 5 («Ваня») і Особливої ??загону моряків Волзької військової флотилії.
10 вересня 1918 - Під час штурму Казані прорвався з чотирма озброєними пароплавами до пристані Казані, обстріляв місто і висадив десант, захопивши в полон дві роти солдатів, і штабні документи. Отримав особисту подяку Л. Д. Троцького і був нагороджений годинником з секундоміром в корпусі з воронованої сталі.
Брав участь у взятті р. Богородска.
На чолі загону збройних пароплавів рухався вгору по Камі , захоплюючи прибережні населені пункти.
Відзначився при взятті р. Єлабуга, під звуки «Інтернаціоналу» взявши добре укріплене місто за 20 хвилин, захопивши 50 гармат і потопивши два озброєні пароплава. Отримав поранення в руку.
За голову Єлісєєва призначена нагорода в 80 тис. золотих рублів.
1 жовтня 1918 - Потрапив у засідку під П'яним Бором, встиг вистрибнути за борт потопаючого пароплава і, протримавшись 37 хвилин у холодній воді, був підібраний подошедшим міноносцем.
Поєднував обов'язки флагарта і командира Особливої ??загону і загону кораблів з посадою командира плавбатареі «ОтаманРазін».
Командуючи загоном з трьох міноносців , звільнив 426 полонених партійних і радянських працівників під м. Сарапул.
24 жовтня 1918 - Начальник загону судів Волзької флотилії, що діяв на р.. Камі.
Вів активні бойові дії, що закінчилися заняттям Іжевського і Воткінського заток.
У середині листопада 1918 року привів кораблі в Нижній Новгород для ремонту на Сормовском заводі. Призначений комісаром штабу Волзької флотилії і відповідальним за ремонт кораблів.
Жорстоко придушив повстання робітників Сормовського заводу.
Березень-серпень 1919 - Комісар морської оперативної розвідки та контррозвідки.
Листопад 1919 - Начальник загону суден особливого призначення в районі Астрахані.
Зима 1919-1920 - Комісар Північного загону судів Волзько-Каспійської флотилії. Брав участь у боях за Царицин.
8 травня 1920 - Начальник бригади крейсерів Волзько-Каспійської флотилії
17 травня 1920 - Вихошел в море, тримаючи прапор на допоміжному крейсері «Роза Люксембург» (колишній танкер, озброєний 130-мм артилерією), для участі в Ензелійской операції.
16 червня 1920 - Комісар Волзько-Камського та Азербайджанського флоту.
липня 1920 - Командир бригади бронепоїздів Південного фронту.
Служба на Балтійському і Чорноморському флотах
Січні 1921 - Залишив морську службу.
Зима 1921-1922 - На чолі загону зі складу кронштадтського гарнізону брав участь у придушенні Карельського повстання.
листопада 1927 - Командувач Берегової обороною Балтійського моря і комендант Кронштадтської фортеці. В якості коменданта займався модернізацією озброєння фортів Тотлебен і Обручов і батареї СіраКінь, а також формуванням і бойовою підготовкою 5-го морського залізничного артилерійського дивізіону.
16 травня 1922 - Командир 2-го Балтійського флотського екіпажу.
За заслуги з відбудови фортеці оголошена подяка в наказі по Петроградському військовому округу. Загальні збори командно-комісарського складу обрало Єлісєєва Почесним червоноармійцем Кронштадтської фортеці і Петроградського укріпленого району.
грудня 1926 - відряджений до Ленінграда для навчання на Курсах удосконалення вищого начальницького складу при Військово-морської академії (КУВНАС).
Жовтня 1925 - Начальник Берег оборони Чорного моря з залишенням на посаді коменданта фортеці Севастополь.
березня 1921 - Командуючи фортом Червона Гірка, виступив проти Кронштадського заколоту.
15 березня 1921 - Вів артилерійський обстріл фортів Кронштадта і бунтівного лінкора «Севастополь», пошкодивши останній прямим попаданням 305-мм снаряда
Осінь 1920 - Відновив боєздатність форту після заколоту в червні 1919 року.
23 березня 1921 - За сумісництвом призначений помічником коменданта Кронштадтської фортеці у військових справах.
серпня 1920 - Комендант форту Червона Гірка і помічник начальника артилерії Кронштадтської фортеці.
березня 1924 - Начальник і комісар навчального загону Морських Сил Балтійського моря.
Нагороджений орденом Червоного Прапора. Петроградська рада робітничих і селянських депутатів вручив йому срібний портсигар з написом «Чесному воїну від Петроградської СРКД». Командування Балтфлоту нагородило його срібними годинниками з золотим ланцюжком та написом «Чесному моряку за виявлену енергію від Комбалтфлотом».
Квітень-червень 1921 - Займався відновленням і переозброєнням форту Червона Гірка.
жовтня 1924 - Комендант і комісар приморській фортеці Севастополь.
16 червня 1921 - Комендант і комісар приморській фортеці Кронштадт.
