У 2004 році Дустум балотувався на пост президента країни і зайняв четверте місце, набравши 10 відсотків голосів.
Після поразки прорадянського режиму в 1992 очолив фактично незалежний 2 ,5-мільйонний центрально-північний регіон Афганістану (провінції Балх, Джаузджан, Фар'яб, Кундуз) зі столицею в Мазарі-Шаріфі, прозваний«Дустумістаном», який мав власний уряд, гроші і добре озброєну армію (у зокрема танки і літаки радянського виробництва) чисельністю до 65 тисяч чоловік.
Працював на підприємстві газодобувної галузі. У 1980 був відправлений на навчання в СРСР. Потім почав службу в органах держбезпеки прорадянського афганського уряду.
У роки Афганської війни 1979-1989 був командиром п'ятьдесят третій дивізії урядових військ, що складається переважно з узбеків і почасти таджиків.
Народився в бідної узбецької сім'ї в провінції Джаузджан.
25 травня 1997 після втрати ряду провінцій через зраду другої людини в «Дустумістане» Маліка Дустум емігрує до Туреччини, а «Дустумістан» припиняє існування і виявляється у владі талібів.
Очолював партію Національне ісламський рух Афганістану (НІДА), яка виступала за федералізацію Афганістану.
У ході триваючої громадянської війни вступав в альянси з різними протиборчими угрупуваннями: з Хекматіяра проти Масуда, з талібами проти Хекматіяра , з Масудом проти талібів.
В 1996 «Дустумістан» увійшов до складу другого Північного альянсу, що протистоїть центральному афганському уряду талібів.
Після виведення радянських військ підтримував прорадянський афганський уряд Наджибулли.
Після розгрому талібів у 2001 Дустум повертається в Афганістан і входить до складу нового уряду.
На початку 1995 року Дустум відвідав Ташкент і один на один розмовляв з президентом Ісламом Каримовим, що ще раз було розцінено як таємна змова між ними, спрямований на підтримку сепаратистських устремлінь генерала по возз'єднанню узбецького регіону Афганістану з Узбекистаном.
У 2005 призначений начальником штабу верховного командування збройними силами Афганістану.
