Был родом из Испании. Занимал различные должности в государственном аппарате, которые зафиксированы в одной из надписей: он был последовательно викарием пяти провинций (лат. vicarius quinqum provinciarum), викарием Испании (лат. vicarius Hispaniarum), викарием города Рима (лат. vicarius urbi Romae), комитом консистория (советником императора). Последнюю должность занимал, очевидно, при цезаре Юлиане. Судя по тому, что он управлял последовательно тремя диоцезами, он был «новым человеком», а до своего викариата, несомненно, руководил провинцией. После того, как Флавий Юлиан был провозглашен солдатами Августом (в 361 году), Саллюстий был назначен им префектом Галлии. В начале 363 года император Юлиан сделал Флавия Саллюстия консулом вместе с собой. Аммиан Марцеллин пишет по этому поводу:
Перед персидским походом император
Не следует путать Флавия Саллюстия с Секундом Саллюстием, также соратником императора Юлиана, префектом Востока и кандидатом в императоры после гибели Юлиана. И тот, и другой разными исследователями соотносятся с философом-неоплатоником IV века Саллюстием.
