Первоначально изучал богословие в Берне, потом медицину. Жил в Париже, Лондоне и Лейдене, где изучал естественную историю. В 1854 г. поселился в Берне, а в 1855 г. получил место профессора зоологии и сравнительной анатомии в Базеле. Изучал ископаемые фауны Швейцарии и напечатал ряд статей о происхождении некоторых групп млекопитающих.
Важнейшие работы Рютимейера:
- «Versuch einer nat?rl. Geschichte d. Riades» (1867);
- «Lebende und fossile Schweine» (Б., 1857);
- «Beitr?ge zur Kenntniss der fossilen Pferde» (Б., 1863 и 1878);
- «Die Rinder der Terti?repoche» (Берлин, 1878);
- «Crania helvetica» (совместно с Вильгельмом Гисом, 1864);
- «Die Grenzen der Thierwelt» (Базель, 1868);
- «Beitr?ge zur Naturgeschichte der Hirscbfamilie» (Базель, 1882)
и многие другие.