Впервые Руэда стал известным как тренер молодёжной и юношеской сборных команд Колумбии. Со сборной Колумбии U-20 он занял третье место на Молодёжном чемпионате мира ФИФА 2003. Также он вывел команду U-17 на четвёртое место в том же году на Юношеском чемпионате мира.
После провального начала квалификации на Чемпионате мира 2006 года (1 очко после 5 игр) федерация футбола Колумбии назначила Руэду на должность главного тренера национальной сборной. Сборной Гондураса под его руководством удалось выйти на Чемпионат мира по футболу 2010 в ЮАР.
