Ранние годы
Джованни Баттиста Ре родился в местечке Борно, в епархии Брешиа. Образование получил в семинарии Брешии и Папском Григорианском Университете, где получил докторантуру в каноническом праве. Помимо родного итальянского хорошо владеет английским и испанским языками.
Рукоположён в священники 3 марта 1957 года в Брешии. Рукоположение совершил Джачинто Тредичи, епископ Брешии. В 1957—1960 годах обучался в Риме. В 1960—1961 годах преподавал в семинарии Брешиа, а также занимался пасторской работой. В 1961—1963 годах продолжал образование в Риме.
На работе в Римской курии
С 1 июля 1963 года он стал членом Римской курии и находился на ватиканской дипломатической службе. Секретарь нунциатуры в Панаме 1963—1967. Получил титул монсеньора в 1964 году, титул почётного тайного камергера (титул изменился в 1967 году с реформой курии, на Капеллана Его Святейшества). Работал на различных дипломатических постах перед посвящением в сан епископа и назначением секретарём Конгрегации по делам Епископов в 1987 году, когда её префектом был кардинал Бернарден Гантен. В 1967—1971 годах — секретарь нунциатуры в Иране. Работал в Государственном Секретариате Ватикана с 1971 по 1989 год. Был аудитором 2 и 1 классов, советником нунциатуры, советником Государственного Секретариата Ватикана. Ре был личным секретарём кардинала Джованни Бенелли.
Был возведён в сан титулярного архиепископа Весковьо 9 октября 1987 года. Иоанн Павел II лично посвящал его в епископы 7 ноября 1987 года в Ватиканской базилике. Папе помогали и сослужили Эдуардо Мартинес Сомало — титулярный архиепископ Тагоры, заместитель Государственного Секретаря Ватикана и Бруно Форести — архиепископ-епископ Брешии.
12 декабря 1989 года он был переведён на пост заместителя государственного секретаря Ватикана по общим делам, одну из ключевых позиций под началом кардинал-государственного секретаря. На этом посту он стал известен, как один из наиболее влиятельных людей в Ватикане, хотя он и не был кардиналом. Этот пост он сохранял до 2000 года, как и пост секретаря Конгрегации по делам Епископов.
Были (необоснованные) спекуляции, о том что он был одним из двух человек, возведённых тайно (in pectore) в кардиналы на консистории 1998 года.
Кардинал
16 сентября 2000 года он был назначен префектом Конгрегации по делам Епископов. 21 февраля 2001 года он был возведён в сан кардинала-священника. 1 октября 2002 года он был возведён в кардиналы-епископы после появления вакансии на этой должности.
Он был одним из кардиналов-выборщиков, которые участвовали в Папском Конклаве 2005 года, который избрал папу римского Бенедикта XVI; сам Ре рассматривался тоже как папабиль, в качестве преемника Иоанна Павла II.
Кардинал Ре остается одним из самых влиятельных кардиналов в Римской курии при нынешнем понтифике Бенедикте XVI, и по своим взглядам примыкает к той группе кардиналов, которые стоят в оппозиции курсу нынешнего папы.