Возвышение жречества Амона
Вся полнота власти на юге страны в Фивах оказалась в руках верховного жреца Амона Аменхотепа, который после смерти своего отца Рамсеснахта и кратковременного пребывания в этой должности своего брата Несуамона, вступил на должность верховного жреца Амона во 2-й год правления Рамсеса IX (или несколько позднее). Попытки Рамсеса как-то урезать права фиванского жречества не увенчались успехом. В своих изображениях Аменхотеп рисовал себя ростом с фараона — вольность до того небывалая. Могущественный жрец распоряжался по своему желанию податливым фараоном и получал от него всякие почести. В 10-й год своего царствования Рамсес IX призвал Аменхотепа на большой передний двор Амонова храма, где в присутствии его политических сторонников и клевретов наградил его рядом великолепных, богато украшенных сосудов из золота и серебра и драгоценными камнями. Передавая богатые дары верховному жрецу, фараон произнёс хвалебную речь такого рода, что, читая её, может возникнуть сомнение, сказана ли она государем подданному, или подданным своему владыке. В то же время, он сообщил Аменхотепу, что некоторые доходы, ранее принадлежавшие фараону, будут отныне поступать в сокровищницу Амона. И хотя слова царя и не вполне ясны, по-видимому, все доходы, шедшие первоначально в царскую казну, а теперь долженствовавшие поступать в сокровищницу бога, должны были отныне собираться непосредственно храмовыми писцами, благодаря чему храм в известной степени становился на место государства.
Разграбление гробниц
Слабость фараоновской власти при Рамсесе сказалась также в его полной неспособности оградить от грабителей царские погребения на западе Фив. Так на 16-м году его правления разразился грандиозный скандал из-за участившихся случаев разграбления фиванских гробниц царей и цариц. Фивы административно делились на два округа: Западный на левом берегу Нила — некрополь, где были гробницы царей и вельмож, а также поселения работников и мастеров обслуживающих их, и Восточный — собственно город. Как это часто случается, правитель Западного округа, некто Певеро, и правитель Восточного округа, некто Песиур, враждовали и старались оклеветать и очернить друг друга перед своим общим начальником, наместником всего фиванского округа Хемуасом. Однажды правитель округа Песиур получил сообщение, что в Западном округе обворовывают гробницы; естественно, он кинулся сообщить об этом Хемуасу. Хемуас потребовал доказательства. Песиур послал за реку своих людей и наконец представил список ограбленных гробниц: десять царских гробниц, четыре гробницы жриц бога Амона и множество склепов частных лиц. Тогда Хемуас создал комиссию для расследования этого дела, но Певеро, правитель некрополя, позаботился о том, чтобы в неё попали его люди. Специальная комиссия из девятнадцати высоких сановников, в которую вошёл и сам Песиур, с 18-го по 22-й день III месяца сезона Ахет (то есть «Половодья») в 16-й год правления Рамсеса IX проверяла правильность заявления. Однако, только одна из указанных царских гробниц, а именно Собекемсафа I и его жены царицы Нубхаас, похороненных вместе, а также гробницы двух жриц действительно оказались ограбленными. Остальные погребения фараонов были признаны ненарушенными. Было арестовано около двадцати пяти рабочих некрополя, которых подозревал и назвал в своей жалобе Песиур. Они были беспощадно высечены и подвергнуты пыткам, после чего некоторые признались в ограблении усыпальниц. В ходе следствия выяснился также уровень коррумпированности египетских властей и то как воры за взятки избегали наказаний. Но не смотря на всё это дальнейшее расследование было приостановлено, казни подверглись только непосредственные участники ограблений. Видимо комиссия была заинтересованна в том, чтобы не привлекать внимания фараона к положению дел в некрополе и тем самым не навлечь его гнев, а может члены этого трибунала сами получали немалую прибыль, покрывая воров. Тексты папирусов Эббота и Амхерста, хранящихся в Британском музее, содержат интереснейшие данные о раскрытии этих преступлений и показания грабителей. На 19-м году Рамсеса IX были разграблены гробницы Сети I и Рамсеса II.