Сын польского писателя Станислава Пшибышевского от гражданского брака с Марфой Фердер. После самоубийства матери в 1896 г. попал в Варшаву к матери Пшибышевского, где учился в консерватории. Во время Первой мировой войны как гражданин Пруссии был вывезен в Орск. Женился на дочери царского подполковника Эмилии Оттовне Нидеккер.
После Октябрьской революции переехал в Москву, где преподавал в Коммунистическом университете национальных меньшинств Запада имени Мархлевского. Член ВКП(б) с 1920 по 1933 год.
В 1929—1931 годах был директором Московской консерватории. На посту директора Пшибышевский произвёл ряд реформ, значительно сократив теоретические предметы и музыкальные занятия и уделив основное внимание политэкономическим курсам.
Был обвинён в гомосексуализме и отправлен на три года на стройку Беломоро-Балтийского канала.
Вновь арестован 1 марта 1937 года. Военной коллегией Верховного Суда 21 августа 1937 года приговорён к расстрелу по обвинению в шпионаже и подготовке террористического акта (приговор приведён в исполнение в тот же день). Реабилитирован 15 сентября 1956 года.
Эмилия Оттовна была репрессирована в 1937 году, вышла из лагерей в 1945 году с туберкулёзом позвоночника от побоев. В 1946 году она скончалась.
