Был архимандритом Ярославского Спасского монастыря до 1311 года, когда митрополит Пётр назначил его епископом в Ростов. Прохор, будучи одним из ближайших сподвижников Петра и пользуясь доверием у московских князей, после его смерти, как полагают некоторые историки, возглавлял русскую церковь до приезда в Москву грека Феогноста. Московские князья Юрий Данилович и Иван Калита поручали ему выполнение политических миссий: он был в 1319 году посредником примирения Юрия Даниловича с тверскими князьями, по поручению Ивана Калиты ездил в 1327 году на собор во Владимир, где добивался канонизации митрополита Петра в качестве «московского чудотворца», освящал первый каменный собор Успения в Московском Кремле.
В 1314 году по распоряжению Прохора в Ярославском княжестве на месте «явления» ему иконы был основан новый Толгский монастырь, главной святыней которого стала «явленная» икона, прозванная также Толгской. По его заказу для Успенского собора в Ярославле в память о князе Фёдоре Ростиславиче Чёрном в 1327 году было создано Феодоровское Евангелие с заставками, инициалами и двумя миниатюрами. Прохор составил краткое житие митрополита Петра и канон ему.
Незадолго до смерти Прохор сложил с себя сан епископа, вернулся в Спасский монастырь, и умер там, приняв в схиме имя Трифона.
