Из александрийских пресвитеров, ученик Кирилла Александрийского. Выступал против учения Патриарха Александрийского Диоскора. Когда патриарх Диоскор, последователь лжеучения Евтихия, подвергся на 4-м вселенском халкидонском соборе низложению и изгнанию, по указу императора Маркиана в Александрии прошли выборы нового предстоятеля, которым стал архипресвитер Протерий, управлявший Александрийской кафедрой во время Халкидонского Собора.
Приверженцы Диоскора восстали против избрания Протерия, произвели мятеж и сожгли отряд воинов, присланных для их усмирения. Император Маркиан послал снова усиленный отряд воинов, чтобы усмирить взбунтовавшихся. Лишённые при этом волей разгневанного императора различных льгот, которыми они пользовались до тех пор, александрийцы смирились и обратились к Протерию, прося его ходатайствовать перед императором о возвращении им прежних льгот (например, ввоза хлеба в город из Египта). По смерти Маркиана еретики опять задумали восстание; пресвитер Тимофей, домогавшийся патриаршего сана, воспользовался временным отсутствием начальника города и выступил во главе мятежников. Патриарх Протерий, не обладая средствами для укрощения мятежа, решился оставить Александрию, но явление во сне пророка Исайи, который позвал его возвратиться в город, сказав ему, что ждёт его, Протерий понял как предупреждение о своей мученической кончине, и возвратился в Александрию. Еретики, узнав, что Протерий находится в крестильнице, ворвались в убежище и убили его и бывших с ним ещё шесть человек; затем, привязав веревку к телу Протерия, они вытащили его на улицу, били, терзали члены его и, наконец, сожгли, а прах развеяли по воздуху в 457 году.
