Был священником в Переславле-Залесском, с 1549 года протопоп Благовещенского собора Московского Кремля, духовник Ивана Грозного. Участвовал в Казанском походе. Совершал молебен при закладке Благовещенского собора в Казани. Принял монашеский постриг в 1562 году в Чудовом монастыре с именем Афанасий.
24 февраля 1564 года избран в Московские митрополиты, 5 марта настолован. Оставил митрополию «за немощью великою» в мае 1566 года, но некоторые российские историки считают, что его отказ от кафедры был связан с опричниной. Афанасий вернулся в Чудов монастырь (16 мая 1566 г.) и прожил там до своей смерти в 1570 году.
Известна переписка с Иваном Грозным. Составил «Житие Даниила Переяславского», автор «Слова на перенесение мощей Николая Чудотворца», «Степенной книги».
Занимался иконописью, поновлял икону Николая Великорецкого (совместно с митрополитом Макарием), писал копии с неё. В 1567 году в Чудовом монастыре поновлял Владимирскую икону Божией Матери:
