Пинеджем был сыном верховного жреца Амона Менхеперры. Он был женат на своей сестре Исетемхеб, а также своей племяннице Несхонс, дочери своего брата Смендеса II, впоследствии управлявшей Нубией. Его детьми от Исетемхеб были: Псусеннес II, певица Амона Харвебен, Божественная жена Амона Хенуттави; от Несхонс он имел четырёх детей: двух сыновей, Тджанефера и Масахарту, и двух дочерей, Итави и Неситанебеташру.
Гробница
Пинеджем II умер около 969 года до н. э. и был похоронен в гробнице DB-320 в Дейр-эль-Бахри. В последующие несколько десятилетий, с целью уберечь от грабителей, в гробнице были спрятаны несколько десятков мумий фараонов и представителей знати предыдущих династий. Среди них были останки таких известных правителей как Яхмос I, Тутмос III и Рамсес II. Гробница была обнаружена в второй половине XIX века братьями Абд-аль-Рассулами, которые попытались использовать найденные древности в целях личного обогащения. "Официально" гробница была открыта экспедицией Эмиля Бургша в июле 1881 года.
