Учился в Ньюпорте, штат Род-Айленд, после чего в 1799 году был принят в ВМФ США в чине мичмана. Во время Первой берберийской войны командовал кораблём «Наутилус». 10 сентября 1813 корабли Перри одержали победу над англичанами в сражении на озере Эри. В ходе сражения флагманский корабль Перри «Лоуренс» был сильно повреждён и он был вынужден покинуть его под огнём противника.
Во время экспедиции к реке Ориноко Перри скончался от жёлтой лихорадки. В его честь были названы канонерская лодка, тип фрегатов, ряд населённых пунктов в США (селение Перри и город Перрисбург в Огайо, графства Перри в Кентукки и Пеннсильвании и др.), а также воздвигнуто несколько монументов.
