Луиджи Пернье окончил университет в Риме. Проводил раскопки минойской и этрусской культур. Так, с 1900 по 1908 год экспедиция Итальянского института археологии в Греции (институт назывался Scuola Archeologica Italiana di Atene — Итальянская Археологическая школа в Афинах) под руководством Федерико Хальберра и Пернье проводила масштабные раскопки на Крите: в Агиа Триада и Фесте. В 1907 году Пернье провёл тщательные раскопки древнего этрусского города Тарквинии, финансировавшиеся итальянским правительством.
Начиная с 1902 года Пернье занимал должность смотрителя археологического музея Флоренции. С 1 июля 1907 года по 16 января 1917 год, возглавлял «Итальянскую Археологическую школу в Афинах». С 1916 по 1923 год, был руководителем музея и вёл раскопки Этрурии во Флоренции. Пернье так же был преподавателем в Королевском Институте высших научных исследований во Флоренции с 1920 по 1923 год, он вёл дисциплины связанные с археологией.
В 1920 году являлся корреспондентом Академии деи Линчеи.
