Хавьер Перес де Куэльяр стал работать в Министерстве международных отношений Перу с 1940 года, позже, в 1944 году, перешёл на дипломатическую службу. Работал в посольствах Перу во Франции, Великобритании, Боливии и Бразилии. В 1964 году назначен послом Перу в Швейцарии, в 1969—1971 — посол Перу в СССР и Польше, а в 1977—1979 — в Венесуэле. Кроме того, в 1971—1982 гг. Хавьер Перес де Куэльяр возглавлял перуанскую делегацию в ООН.
В 1981 году было проведено 16 туров голосований, прежде чем было принято решение о назначении де Куэльяра Генеральным секретарем. С 1 января 1982 года выбран Генеральным секретарём ООН, проработав на этом посту два срока, активно участвуя как посредник во многих конфликтах.
В 1987 году было присвоено звание почётного гражданина Загреба.
В 1995 году участвовал в выборах Президента Перу, но набрал 22 % голосов, уступив Альберто Фухимори. В 2000—2001 гг. Перес де Куэльяр — Президент Совета Министров Перу, а в 2002—2004 — председатель Конгресса Латинского Союза.
14 июня 2007 года скончался его предшественник Курт Вальдхайм, и Хавьер Перес де Куэльяр стал старейшим из живых Генеральных секретарей ООН.
Награждён российской медалью Пушкина (13 октября 2009 года) — за большой вклад в популяризацию русского языка и русской культуры в Республике Перу.
