Пердикка был сыном царя Александра I, после смерти которого отнял власть у старших братьев Филиппа и Алкета. По свидетельству Фукидида, Пердикка был сначала другом и союзником афинян, а потом поссорился с ними из-за того, что они заключили союз с его врагами — старшим братом Филиппом, которого он отстранил от престола и которого поддерживал одрисский царь, и элимейским князем Дердой из Верхней Македонии. По ходу Пелопоннесской войны Пердикка неоднократно мирился с афинянами, но потом вновь вступал с ними в войну, когда это входило в его планы.
Впрочем, поссорился он и со своими союзниками — спартанцами. Во время совместного похода против македонского племени линкестов гоплиты спартанского полководца Брасида, обозленные бегством войска Пердикки, перебили часть союзных македонцев и разграбили их имущество.
Не сделав значительных земельных приобретений, Пердикка II все же сохранил целостность страны под угрозой мощного одрисского царства во Фракии и ослабил влияние Афин на побережье, жизненно важном для Македонии. По описанию Фукидида постоянная армия Пердикки состояла из конной дружины, числом не более одной тысячи всадников, и наёмной пехоты из варваров. Пердикка побеждал больше с помощью войн, разжигаемых им между соседями и греческими государствами, чем своим собственным оружием.
От наложницы Пердикка имел сына Архелая, позднее захватившего власть, и другого сына от жены Клеопатры, погибшего, как считали в Греции, от рук Архелая в 7-летнем возрасте .
