После службы в армии Пахомий удалился в Фиваидскую пустынь рядом со своим домом. Вскоре перебрался в христианскую общину в Тавенисси (Тавенне/Табенне) на восточном берегу Нила, состоявшую из вышеупомянутого отшельника Паламона и нескольких анахоретов. Пахомий соединил разрозненные жилища последователей Антония Великого, огородил общину стеной и составил для монахов правила дисциплины и режим дня, основанный на равномерном чередовании труда и молитвы.
Известный христианский святой Василий Великий (330—379) побывал в киновии Пахомия и заимствовал многие его идеи в Кесарии (Каппадокия), где был создан устав аскетической монашеской жизни, используемый до сих пор в православных монастырях. Именно Пахомию приписывается введение в христианскую практику обычая использовать чётки.
Пахомий вошел в историю церкви как создатель общежительной формы монашества, или киновитства, которую он считал более соответствующей человеческой природе, нежели отшельничество в духе Антония Великого. Однако до создания первого монастыря он находился несколько лет в уединении в пустыне. Издавна жрецы культа Сераписа практиковали уход от мира в пустыню, и Пахомий, зная это, лишь немного модернизировал языческую традицию, и вошел в историю, как один из отцов схимничества. Кроме того, Пахомий настаивал на беспрекословном подчинении иноков настоятелю, который в монашеской иерархии заступал место монарха. К концу его жизни община в Тавенисси насчитывала свыше 3000 монахов обоего пола, сгрупированных в 9 мужских и 2 женских обители. Нужно обратить внимание на то, что в киновиях Пахомия, не было строгого отделения мужчин от женщин.
Пахомий не был создателем монастыря в современном понятии слова. Киновия отличается от монастыря тем, что монахи там хотя и проводят часть дня вместе, живут каждый по отдельности, каждый в небольшой хижине и часть дня проводят наедине с собой, всё это является лишь приготовлением для тех, кто сможет потом перейти на более высокий аскетический уровень.
