После окончания карьеры Фернандо Патерностер работал тренером в Колумбии и Эквадоре, тренеруя такие команды, как «Мильонариос», «Америка Кали», «Атлетико Насьональ», «Эмелек» и другие. Тренировал Патерностер и сборную Колумбии в 1938 году.
Награды
Как игрок
- Серебряный призёр Олимпийских игр: 1928
- Чемпион Южной Америки: 1929
- Серебряный призёр Чемпионата мира: 1930