Сын отставного гвардейского прапорщика Сергея Фёдоровича Панютина и Надежды Фёдоровны, урождённой Козловой; дата рождения Панютина точно не известна. Получив первоначальное домашнее воспитание, в 1807 г. он был определён в Пажеский корпус, откуда, окончив курс учения в 1809 году, выпущен 12 мая прапорщиком в лейб-гвардии Семёновский полк. Произведённый 1 мая 1811 г. в подпоручики, Панютин, вместе с Семёновским полком, участвовал во многих сражениях Отечественной войны 1812 года. В составе 1-й армии участвовал в отступлении от границы и многих аръергардных боях; в Бородинской битве 24 и 25 августа он находился в резерве армии, а в день 26 августа — и в самом сражении; затем он был при Тарутине и Малоярославце. Точно так же он находился и при переходе войск через Неман, участвовал в 1813 году в сражениях при Лютцене, Бауцене, Пирне, Кульме и в Лейпцигской битве (где был контужен ядром в правую ногу), и, наконец, при взятии Парижа 18 марта 1814 года. За все эти сражения он получил орден св. Анны 4-й степени за храбрость (9 мая 1813 г. за отличие при Бауцене), св. Владимира 4-й степени с бантом (15 сентября 1813 г.) и прусский орден «Pour le M?rite» (за отличие при Кульме) и 23 сентября 1813 г. произведён в поручики.
По окончании Заграничных походов Панютин продолжал службу в Семёновском полку до 1820 года, и за это время получил чины штабс-капитана (14 марта 1816 г.), капитана (8 июня 1817 г.) и полковника (15 декабря 1819 г.). 2 ноября 1820 Панютин был переведён после известной истории с полковником Шварцем в Севский пехотный полк, в котором 4 июля 1822 г. назначен командиром батальона. 18 сентября 1826 г. Панютин получил в командование Рыльский пехотный полк.
Произведенный 29 сентября 1828 г. в генерал-майоры, Панютин был назначен командиром 2-й бригады 20-й пехотной дивизии и при возникшей в 1828 году войне с Турцией вместе со всей дивизией направлен был на усиление войск отдельного Кавказского корпуса, действовавшего против Турции со стороны Малой Азии. Панютин участвовал в упорном сражении при Баязете, длившемся 32 часа, и был тяжело ранен пулей в бедро правой ноги. За отменную храбрость, выказанную в этом сражении, он был 19 января 1830 г. награждён орденом св. Георгия 3-го класса № 421
Полученная Панютиным рана лишила его возможности участвовать в дальнейших военных действиях Турецкой войны, окончившейся миром 1 октября 1829 года. По заключении мира войска 20-й дивизии возвратились на Кавказскую линию и были направлены главнокомандующим на Кавказе (в то время графом Паскевичем) для покорения неприязненных России народов, населявших Кавказские горы, в особенности на p. Пшебсу, чтобы действовать против шапсугов.
Вспыхнувшее в ноябре 1830 года восстание в Царстве Польском заставило для его усмирения направить русскую армию под начальством фельдмаршала Дибича в пределы Польши. Панютин состоял при нём в это время и, следуя к армии, был взят мятежниками в плен, в котором оставался с 8 июня по 20 августа 1831 г., а затем, вместе с вверенным ему небольшим отрядом (полки Севский пехотный и Лубенский гусарский при 4 орудиях), занимал местечко Петрикау до самого окончания этой войны в 1831 году. За отличие в этом походе награждён знаком «Virtuti militati» 2-й степени.
Командуя после 1-й бригадой 6-й пехотной дивизии (с 16 сентября 1831 г.), а затем 8-й пехотной дивизией (с 15 октября 1834 г.), Панютин стоял в пределах бывшего Царства Польского невдалеке от австрийской границы; 27 октября 1834 г. получил орден св. Анны 1-й степени. Возникшие в Галиции и городе Кракове беспорядки были причиной того, что особый отряд русских войск из Кельца под командой Панютина был направлен в пределы Австрии, занял Краков, а затем, по восстановлении порядка, снова возвратился в пределы Царства Польского. 18 апреля 1834 г. произведён в генерал-лейтенанты. 7 сентября 1839 г. был удостоен ордена св. Владимира 2-й степени; 15 февраля 1846 г. получил орден Белого Орла.
