Вступил на престол после того как в августе 465 года до н. э., в результате придворного заговора возглавляемого начальником дворцовой стражи Артабаном и евнухом Аспамитрой были убиты его отец и старший брат Дарий. Через несколько месяцев Артаксеркс устранил Артабана и Аспамитру, убив их в дворцовой схватке. В 464 года до н. э. брат Артаксеркса, сатрап Бактрии Гистаспа (др.-перс. Виштаспа) поднял восстание против него, но был побеждён в двух сражениях и убит. Опасаясь дворцового переворота, Артаксеркс велел перебить всех остальных своих братьев.
При Артаксерксе греки продолжали вести военные действия против Персии, но значительнее менее интенсивно, чем раньше. Афины и Спарта открыто враждовали между собой. На востоке против Персии воевали только Афины со своими союзниками.
Восстание в Египте
В 460 году до н. э. вспыхнуло восстание в Египте, быстро переросшие в открытую войну против персидского господства. Восстание возглавил ливиец Инар. Восставшие изгнали сборщиков податей, установили свой контроль в Дельте, а затем вторглись в долину Нила. Вскоре к Инару присоединился другой вождь восставших — Амиртей I из Саиса. Но столица Египта Мемфис и Верхний Египет всё ещё оставались под властью персов. Сатрап Египта Ахемен, дядя Артаксеркса собрал значительную армию и выступил против восставших. В решающей битве при Папримисе (460 год до н. э.) персидская армия потерпела полное поражение, а сам Ахемен погиб в бою. Египтяне в насмешку послали его труп Артаксерксу.
Одержав ряд побед над персами, Инар обратился за помощью к Афинам, и те в 459 году до н. э. послали ему в поддержку флот в 200 кораблей, включая суда союзных греческих городов. Сначала флот двинулся к Кипру, который принадлежал персам и разграбил его. Затем афинские корабли направились в Египет и, вступив в Нил, уничтожили стоявший там персидский флот. После афиняне напали на Мемфис, где было сосредоточено персидское войско, и взяли его, но персидский гарнизон укрылся в городской крепости «Белые Стены». Осада крепости продолжалась почти целый год, и афиняне несли большие потери.
В 456 году до н. э. Артаксеркс направил против мятежников сатрапа Сирии (Заречья) Мегабиза (др.-перс. Багабухша), с сильным сухопутным войском и финикийским флотом. Египтяне и афиняне потерпели поражение, а Мемфис был взят персами. Инар с остатками своих приверженцев и афинян бежал на остров Просопитида в западной Дельте. Там они были окружены персами, но смогли ещё продержаться полтора года. В 454 году до н. э. персы, соорудив дамбу, соединили остров с материком и захватили его. Большинство египтян и афинян погибло в сражении, а Инар со своими немногочисленными оставшимися в живых сторонниками и небольшой частью греков сдался в плен Мегабизу, получив от него заверения, что всем пленным будет сохранена жизнь. Впоследствии Инар всё же был казнён.
Тем временем 50 кораблей с афинскими и союзными им воинами отплыли в Египет на смену тому войску, о гибели которого в Афинах ещё ничего не знали. Эти корабли бросили якорь в одном из восточных рукавов Нила, но тут на них внезапно напали с суши персы, а с моря финикийский флот, и потопил большую часть кораблей греков. Лишь нескольким из них удалось спастись. Таким образом, Египет в 454 году до н. э. снова стал персидской сатрапией. Новым сатрапом Египта был назначен Аршама (которого Ктесий называет Сарсамом), по-видимому, внук Дария I. И лишь в западной Дельте утвердился Амиртей, один из вождей восставших, недосягаемый и неуловимый, в обширных болотах этого края. В конце концов, по свидетельству Геродота, персы признали за Фанниром и Павсирисом, сыновьями Инара и Амиртея, власть над Ливией и Дельтой под главным начальством персидского сатрапа.