Родился в 1801 г. Отец — Александр Борисович Назимов (1760—1810), отставной секунд-майор, островский уездный предводитель дворянства, надворный советник, мать — Марфа Степановна урождённая Шишкова (1762—1844). Воспитывался в Петербурге в частном институте у протоиерея М.Б. Каменского.
М. А. Назимов начал службу 8 марта 1816 г. юнкером в 23-й конно-артиллерийской роте, 22 марта 1817 г. произведён в прапорщики, и был переведён 20 марта 1819 г. в лейб-гвардии Сапёрный батальон откуда 17 января 1820 г. перевёлся в лейб-гвардии конно-пионерный эскадрон, где последовательно получил чины подпоручика (21 августа 1820 г.), поручика (19 сентября 1822 г.) и штабс-капитана (21 марта 1825 г.).
Как член Северного тайного общества, он после восстания 14 декабря 1825 г. был 27 декабря арестован и предан Верховному уголовному суду, причислившему его к VIII разряду преступников за то, что он «участвовал в умысле бунта, принятием в тайное общество одного товарища». По конфирмации 10 июля 1826 г. Назимов был приговорён к лишению чинов и дворянства и ссылке на поселение; сначала был отправлен в Верхнеколымск Якутской области а затем поселён в Витиме (в Восточной Сибири). Указом 30 апреля 1830 г. переведён на жительство в г. Курган Тобольской губернии, где прожил около семи лет. Живя в Кургане Назимов вёл скромный образ жизни, занимался хозяйством, помогал из своих небольших средств бедному населению Кургана и тем подготовил сочувственный приём в Кургане товарищам, поселённым там несколько лет спустя. В Кургане по его проектам строились дома горожан и был возведен Богородице-Рождественский собор; до нас дошли и несколько замечательных карандашных портретов ссыльных декабристов, сделанных Назимовым. Местная администрация всё время аттестовала его, как лицо, отличившееся примерным образом жизни и хорошим поведением.
По ходатайству брата, штабс-капитана лейб-гвардии Саперного батальона И. А. Назимова, ему испрашивалось дозволение вступить рядовым в Кавказский корпус, но ходатайство было отклонено Николаем I резолюцией в 1832 г: «Он более виноват, чем другие, ибо мне лично во всем заперся».
В 1837 г. по Высочайшему повелению Назимов, как и ряд других декабристов, был отправлен на Кавказ и там зачислен рядовым Кабардинский егерский полк. Принимая участие в походах против горцев, Назимов неоднократно выказывал отличие и в апреле 1839 г. был произведён в унтер-офицеры, 6 ноября 1840 г. — в юнкеры, 17 октября 1843 г. — в прапорщики с переводом в Грузинский линейный № 9 батальон. С этим батальоном он неоднократно принимал участие в схватках с горцами и 30 марта 1845 г. за отличие был произведён в подпоручики. Прослужив на Кавказе почти девять лет, он 23 июня 1846 г. по болезни был уволен в отставку с чином поручика.
Весной 1847 г. Назимов женился на Варваре Яковлевне урождённой Подкользине (1819—1865, на её сестре был женат декабрист М. И. Пущин).
Поселившись в с. Быстрецове Псковской губернии, он вскоре приобрел широкую известность своей щедрой благотворительностью. По вступлении на престол императора Александра II, с него сняты были все ограничения , и он принял деятельное участие в крестьянской земской реформе, состоя с самого введения земства в Псковской губернии сначала гласным (1858—1859), с 1861 — мировой посредник, а затем в течение многих лет (с 1865 г.) председателем Псковской губернской земской управы. В этой последней должности Назимов особенно много потрудился над вопросами: о равномерной раскладке земских сборов, о возможности лучшей организации народного образования и о призрении бедных. В 1866 году году он был выбран почетным мировым судьей по Псковскому уезду.
С 60-х годов Назимов живет «в собственном доме у Красного Креста». Он пристально следит за текущей литературой, в том числе и научной. Об этом, в частности, свидетельствует его письмо к М.И. Семевскому от 16 ноября 1862 г., которым сопровождался возвращаемый автору только что изданный двухтомный его труд «Сторонники царевича Алексея».
Назимов оставил после себя ненапечатанные «Записки». При жизни им были обнародованы: одно стихотворение князя А. И. Одоевского и письма отца последнего — князя Ивана Одоевского («Русская старина», 1870 г., т. І); кроме того, он напечатал несколько статей по сельскохозяйственным вопросам (например «Об обороте или ренте с сельскохозяйственных земель в России вообще и в Псковской губернии в особенности» в журнале «Землевладелец» 1858 г., отдельное издание: М., 1858). Сборник писем и статей М. А. Назимова был напечатан в Иркутске в 1985 г.
9 августа 1888 г. Назимов умер в Пскове на 89-м году от рождения; похоронен на Дмитриевском кладбище.
