Этногенетические исследования
Евреи и палестинцы
Арнаис-Вильена получил неоднозначную международную известность в связи со своей публикацией о генетической истории евреев и палестинцев, в журнале Human Immunology (). Статья получила скандальную известность из-за ряда утверждений, касающихся палестино-израильского конфликта. В результате жёсткой критики статья была изъята из журнала; подписчикам, получившим журнал, было рекомендовано «физически изъять» страницы с публикацией — требование, беспрецедентное для европейской академической литературы. Комментарии Арнаис-Вильены по поводу арабо-израильского конфликта были расценены как «тенденциозные политические заявления», поскольку он, в частности, утверждал, что арабы живут в «концентрационных лагерях». В результате Арнаис-Вильена был исключён из редакционной коллегии журнала.
Некоторые учёные поддержали позицию Арнаис-Вильены. В частности, Эндрю Гоффи (Andrew Goffey), старший преподаватель Миддлсекского университета () в Англии, заявил, что статья не содержала оскорбительных утверждений, и что «по-видимому, статья была удалена не по причине научных свидетельств». Некоторые учёные обратились в редакцию с письмами в поддержку Арнаис-Вильены и с возражениями против столь сурового решения. В одном из писем его автор писал: «Если бы Арнаис-Вильена обнаружил свидетельства генетической уникальности евреев, едва ли кто-либо возразил против его утверждений в данной статье. Эта ситуация весьма печальна».
Греки и македонцы
В статье о генетической связи между греками и современными македонцами он пришёл к выводу, что «греки … в значительной мере связаны с субсахарскими (эфиопы, западные африканцы) народами, что отделяет их от прочих средиземноморских народов.» Выводы Арнаис-Вильены были близки идеям книги Мартина Бернала «Чёрная Афина» (первое издание — 1987), где последний утверждал, что греческая цивилизация якобы была в значительной мере финикийской по происхождению, и добавили жару в дискуссию между греческими и македонскими националистами. Вскоре после этого три известных генетика — Луиджи Лука Кавалли-Сфорца, Альберто Пьяцца и Нил Риш (англ. ) указали на грубые недочёты в научной методологии Арнаис-Вильены. По их словам, «использование результатов единственного маркера, специально отобранного для целей реконструкции генеалогии, является ненадёжной и недопустимой практикой в популяционной генетике», а выводы о происхождении греков являются «аномальными результатами, противоречащими истории, географии, антропологии и всем прежним исследованиям популяционной генетики указанных этнических групп».
В ответ на эту критику Арнаис-Вильена и соавторы возразили, что «изучение одиночных локусов, как HLA, так и других маркеров, является распространённым в данной научной области, подобные исследования регулярно публикуются в специальной литературе» .
Ни одно из проведенных позднее многомаркерных исследований не воспроизвело результаты Арнаис-Вильены. В работе «История и география человеческих генов» (The History and Geography of Human Genes, Princeton, 1994) Кавалли-Сфорца, Меноцци и Пьяцца сгруппировали греков вместе с другими европейскими и средиземноморскими популяциями на основании 120 генетических локусов (см. диаграмму MDS plot). Затем Аюб и др. (Ayub et al. 2003) провели аналогичный анализ с использованием 182 локусов (см. дендрограмму).. Ещё одно исследование было проведено в 2004 г. Университетом г. Скопье святых Кирилла и Мефодия с использованием методологии Арнаис-Вильены — однако, в противоположность его выводам, исследователи не обнаружили у греков примеси субсахарской ДНК.
Индейцы Месоамерики
Арнаис-Вильена также был одним из авторов статьи, в которой был выдвинут ряд смелых гипотез о мультиэтническом происхождении коренного населения Месоамерики. В статье утверждалось, что заселение Америки было, «по-видимому, более сложным, чем утверждали Гринберг и его сторонники (три волны населения)», отметив при этом, что «месо- и южноамериканские индейцы остаются изолированными по отношению к своим соседям … при анализе генетического расстояния.»
