Сын султана Абдул-Хамида I. Вступил на престол в результате янычарского мятежа против Селима III и его реформ. Лидер мятежников Мустафа-паша Кабакджи был назначен великим везиром. Было объявлено о роспуске «новых войск» (низам-и-джедид), многие сторонники реформ казнены.
При Мустафе IV продолжалась война с Россией. Пытавшийся прорвать блокаду Дарданелл османский флот был разгромлен в Афонском морском сражении. В августе 1807 года было заключено перемирие, во время которого русские войска продолжали оккупировать Дунайские княжества.
Летом 1808 года рущукский губернатор Мустафа-паша Байрактар с верными ему войсками организовал поход на Константинополь с целью восстановления на престоле Селима III. Сторонники Мустафы IV не смогли оказать ему серьёзного сопротивления. Во время штурма дворца Мустафа IV приказал убить своего двоюродного брата — бывшего султана Селима III и своего младшего родного брата Махмуда, но последнего убийцы найти не смогли. Овладев дворцом, Мустафа-паша арестовал Мустафу IV, а нашедшийся к тому времени принц Махмуд был возведен на престол.
В ноябре 1808 года начался очередной янычарский мятеж, участники которого стремились восстановить Мустафу на престоле. Во время этого мятежа бывший султан Мустафа был убит по приказу Махмуда II.
