В 1960-е годы Сергей Муратов работал обозревателем в газете "Советская культура" и журнале "Журналист". С 1968 года преподаёт на кафедре телевидения факультета журналистики МГУ. Читает лекции для студентов МГУ, слушателей Высших курсов сценаристов и режиссеров, Института повышения квалификации работников телевидения, студентов Российского государственного гуманитарного университета и Института современного искусства. Участник международных научных конгрессов и фестивалей по телевидению и документальному кино в США, Великобритании и Германии. Входил в число постоянных членов и организаторов авторитетного международного семинара кинодокументалистов (Рига, Латвия). Автор более полутора десятков книг, учебных пособий и программ по проблемам телевидения, медиаобразования. Ему принадлежит свыше 400 публикаций в теоретических сборниках, а также российских и зарубежных научных журналах.
Книги
- Пристрастная камера. — Аспект Пресс, 1976 (переиздание 2004).
- Выносится на обсуждение. — Знание, 1985.
- Встречная исповедь. — Знание, 1988.
- ТВ — эволюция нетерпимости. — Логос, 2001.
- Телевидение в поисках телевидения. — Издательство МГУ, 2001 (переиздание 2009).
- Телевизионное общение в кадре и за кадром. — Аспект Пресс, 2003.
- Документальный телефильм. Незаконченная биография. — Икар, 2009.