Родился в Герате. Принадлежит к суфийскому ордену Накшбандийя. В 1940-е изучал исламскую теологию в Каире. Вернувшись в Кабул, преподавал теологию. Его семья подверглась репрессиям во время правления Х. Амина. В 1979 на территории Пакистана основал Национальный фронт спасения Афганистана (НФСА). 27 апреля 1992-го года отряды душманов вошли в Кабул благодаря предательству генерала Дустума, а 28 апреля в столицу прибыл Себгатулла Моджаддеди и в присутствии иностранных дипломатов получил власть из рук вице-президента прежнего режима Хатефа. Он стал президентом Исламского Государства Афганистан, а также главой Совета Джихада (комиссии из 51 члена, назначенных в соответствии с Пешаварскими Соглашениями). Пост премьер-министра согласно тому же документу занял Абдул-Расул Саяф. Была продемонстрирована преемственность власти: объявлены всеобщая амнистия и отказ от преследования функционеров прежнего режима. В том же году Моджаддиди передал власть таджикской этнической группировке Бурхануддина Раббани. Однако гражданская война на этом не закончилась. Пуштунские (Гульбетдин Хекматиар), таджикские (Ахмад Шах Масуд, Исмаил-хан) и узбекские (Абдул-Рашид Дустум) полевые командиры продолжали сражаться между собой.
В 2004 председательствовал на всеафганском конгрессе Лойя-джирга. В декабре 2005 г. был выбран Председателем верхней палаты Национального собрания Афганистана (Meshrano Jirga).
Свободно говорит на дари, пушту, арабском, урду и английском.
