После смерти брата, Коломана I Асеня будучи ещё ребёнком вступил на болгарский престол. Таким образом, в Болгарии второй раз подряд на престол взошёл ребёнок. В его правление Болгария понесла значительные территориальные потери от своих соседей: Венгрии, Никейской империи, Эпирского деспотата.
Незадолго до конца своего царствования Михаил Асень женился на Елизавете, дочери Ростислава Михайловича, бана Мачвы. После чего Ростислав приобрёл большое влияние при дворе. Вероятно, именно это привело к конфронтации Михаила Асеня с боярами, что привело к его убийству и узурпации власти его двоюродным братом, Коломаном II Асенем.
