Менхеперра был сыном верховного жреца Амона Пинеджема I и, возможно, Дуатхатхор-Хенуттави, дочери фараона Рамсеса XI. Должность верховного жреца досталась ему после двух братьев: Масахарты и Джедхонсуефанха. Менхеперра взял себе в качестве тронного имени титул «первого пророка Амона», как и его прадед Херихор, что, возможно, указывало на уменьшение его власти по сравнению с предшественниками, хотя он все ещё называл себя царём Верхнего и Нижнего Египта, а его имя бралось в картуши, в отличие от последующих верховных жрецов Амона. По приказу Менхеперры были воздвигнуты многочисленные крепости и фортификации в Среднем Египте, также известно, что при нём были построены стены вокруг одного из храмов в Карнаке, чтобы оградить его от расширяющихся жилых построек.
Семья
Менхеперра женился на своей племяннице Исетемхеб, дочери своего брата Псусеннеса. Их детьми были:
- Смендес II, также известный как Несбанебджед II, который наследовал ему как верховный жрец Амона.
- Хенуттави, жена Смендеса II, певица Амона.
- Пинеджем II, Верховный жрец после смерти своего брата. Он женился на своей сестре Исетемхеб и стал отцом фараона Псусеннеса II.
- Исетемхеб D, жена Пинеджема II.
- Хори, жрец Амона и Сета.
- Меритамен, певица Амона.
- Гаутсешен, певица Монту.