Молодость
Маргарета родилась в Леувардене, в Нидерландах и была единственной дочерью и вторым ребёнком из четырёх детей Адама Зелле (нидерл. Adam Zelle) (2 октября 1840 — 13 марта 1910) и Антье ван дер Мёлен (нидерл. Antje van der Meulen) (21 апреля 1842 — 9 мая 1891). Адам был владельцем шляпного магазина. Кроме того, он сделал успешные инвестиции в нефтедобывающую промышленность и стал достаточно богатым, чтобы не скупиться на детей. Таким образом, до тринадцати лет Маргарета посещала только школы для высшего сословия. Однако в 1889 Адам обанкротился и вскоре развелся с женой. Мать Маргареты умерла в 1891. Семья была разрушена. Отец отправил Маргарету к её крёстному в город Снек. Затем она продолжила своё обучение в Лейдене, получая профессию воспитательницы детского сада, но когда директор училища начал открыто флиртовать с нею, её оскорблённый крёстный отец забрал Маргарету из этого учебного заведения. После нескольких месяцев она сбежала к своему дяде в Гаагу.
Индонезия
В 18 лет от роду в Амстердаме 11 июля 1895 года Маргарета вышла замуж по объявлению за 38-летнего капитана Рудольфа Мак-Леода (1 марта 1856 — 9 января 1928), голландца шотландского происхождения. Они переехали на Яву (голландская Ост-Индия, ныне Индонезия), и у них родилось двое детей: сын Норман-Джон (30 января 1897 — 27 июня 1899) и дочь Жанна-Луиза (Нон) (2 мая 1898 — 10 августа 1919). Брак был полным разочарованием для обоих. Рудольф был алкоголиком. Кроме того, он вымещал все свои расстройства и неудовлетворённость жизнью на жене, которая была в два раза младше его и которую он обвинял в том, что его не продвигают по службе. Он также открыто содержал любовницу. Разочарованная Маргарета оставила его временно, переехав к ван Редесу (Van Rheedes) — другому голландскому офицеру. В течение многих месяцев она интенсивно изучала индонезийские традиции, в частности через свою работу в местной танцевальной группе. В 1897 она впервые упомянула свой артистический псевдоним - Мата Хари, который по-малайски означает "солнце" (дословно - "глаз дня") в одном из писем к родственникам в Голландии. После настойчивых уговоров Рудольфа Маргарета вернулась к нему, хотя его агрессивное поведение не изменилось. Она по-прежнему пыталась забыться, изучая местную культуру.
Их сын Норман умер в 1899, вероятно, от осложнений сифилиса, которым заразился от родителей, хотя семья утверждала, что он был отравлен прислугой. Некоторые источники утверждают, что Рудольф Мак-Леод чем-то обидел и наказал мужа служанки, которая у них прислуживала, в ответ супруг служанки приказал жене отравить детей Рудольфа и Маргареты. Служанка послушала мужа, отравив пищу детей. Это не составило ей труда, потому что она перемещалась по дому этой семьи без преград, была допущена к кухне и еде. Мальчик умер в мучениях, которые долго продолжались, но девочка уцелела. Некоторые утверждали, что это чудо, некоторые ссылались на сильный иммунитет, но до сих пор не ясно, как она смогла выжить, если детей кормили одинаково и яд был для двоих детей.
Некоторые источники утверждают, что это один из врагов Рудольфа, возможно, отравил ужин, чтобы убить обоих детей .
После переезда назад в Голландию пара развелась в 1903. Рудольф отобрал у жены право на воспитание дочери (которая умерла в возрасте 21 года, скорее всего, также от осложнений сифилиса).
Танцовщица
Оказавшись в бедности, Маргарета Зелле отправилась зарабатывать средства на жизнь в Париже. Сначала она выступала как цирковая наездница под именем «леди Греша Мак-Леод». С 1905 начинается её громкая слава, как танцовщицы «восточного стиля», выступавшей под псевдонимом Мата Хари. Некоторые её танцы представляли собой нечто близкое к современному стриптизу, тогда ещё непривычному для западного зрителя: в конце номера (исполнявшегося перед узким кругом ценителей на сцене, усыпанной лепестками роз) танцовщица оставалась почти полностью обнажённой, по легенде, так было «угодно Шиве». Сама Мата Хари претендовала на воспроизведение настоящих священных танцев Востока, якобы знакомых ей с детства, а также мистифицировала собеседников разными другими небылицами романтического характера. Так, танцовщица утверждала, что она экзотическая принцесса (или дочь короля Эдуарда VII и индийской княжны), что у неё есть конь, который позволяет ездить на себе только своей хозяйке, что она воспитывалась на Востоке в монастыре и т. п. В начале XX века, в период обострённого интереса к Востоку, к балету (ср. карьеру Айседоры Дункан) и эротике, Мата Хари имела большой успех в Париже, а затем и в других европейских столицах.