Родителями Марии были король Португалии Жуан III и Екатерина Австрийская.
Брачная церемония между Марией и Филиппом состоялось в 1543 году. Поскольку они были близкими родственниками, Филипп был кузеном Марии, для их бракосочетания требовался папский диспенс, который и был без осложнений получен. Она родила наследника престола дона Карлоса, который однако был физически и душевно больным, что возможно являлось следствием близкого родства супругов. Мария умерла вскоре после рождения сына.
