Образование
Маргарян родился в Ереване. Получив степень бакалавра в Государственном инженерном университете Армении, Маргарян был призван на срочную службу в армию Республики Армения, после прохождения которой остался в рядах вооруженных сил и стал офицером Министерства обороны Республики Армения.
Убийство
С 11 января 2004 года Маргарян участвовал в трехмесячных англоязычных курсах программы НАТО «Сотрудничество во имя мира» в Будапеште. Ранним утром 19 февраля он был убит. Убийца — азербайджанский офицер Рамиль Сафаров, нанес 16 ударов топором по лицу спящего армянского офицера, тем самым почти отделив его голову от тела.
Суд над Рамилем Сафаровым проходил в Венгрии. На суде защита Сафарова мотивировала его действия тем, что на Сафарова наложили отпечаток события карабахского конфликта. Проведенная судом медэкспертиза признала его вменяемым. Суд приговорил Сафарова к пожизненному тюремному заключению без права амнистии в первые 30 лет. Судья объяснил своё решение особой жестокостью преступления Сафарова и тем, что тот не раскаялся в своих действиях.
Память
В связи с убийством Маргаряна свои соболезнования выразили ряд иностранных государств и политиков. В заявлении министра иностранных дел Казахстана К. Токаева было сказано:
В Ереване есть школа и общественная организация его имени.
