Молодые годы
Маргарита была второй дочерью Генриха Хорутанского, короля Чехии (1307—1310), герцога Каринтии и графа Тироля (1310—1335), и Адельгейды Брауншвейг-Грюбенхаген. Её старшая сестра Адельгейда умерла в возрасте восьми лет в 1325 году. В 1330 году одиннадцатилетняя Маргарита была выдана замуж за семилетнего Иоганна Генриха, младшего сына чешского короля Яна Люксембургского и будущего маркграфа Моравии.
Вступление на престол
После смерти своего отца в 1335 году Маргарита осталась последним представителем Горицко-Тирольской династии. В соответствии с договором, заключённым в 1282 году между Габсбургами и Горицко-Тирольским домом, в случае прекращения мужской линии последнего его владения должны были перейти к Габсбургам. Австрийский герцог Альбрехт II немедленно оккупировал Каринтию и Крайну, однако в Тироле столкнулся с сопротивлением соседней Баварии, также претендующей на наследие Генриха Хорутанского. Согласно австро-баварскому договору 1335 года Каринтия и Южный Тироль отходили к Австрии, а северный Тироль — к Баварии. Но против раздела своей страны выступили сами тирольцы. Вспыхнуло восстание с требованием восстановления на престоле законной наследницы. Австрийцы и баварцы были вынуждены покинуть страну и признать Маргариту правительницей Тироля.
Молодая графиня нашла поддержку как у местной аристократии, так и у ландтага Тироля, который именно в это время начал усиливать своё влияние на политику, превращая Тироль в сословную монархию.
Скандальный брак
В ноябре 1341 года при поддержке тирольского дворянства, вступившего в тайный союз с императором Священной Римской империи Людвигом Баварским, Маргарита изгнала из Тироля своего мужа Иоганна Генриха. Одновременно было объявлено, что супруги не состояли в фактических брачных отношениях. На этом основании император объявил брак недействительным. Маргарита вышла замуж за его старшего сына Людвига V Виттельсбаха, маркграфа Бранденбурга 10 сентября 1342 года в Мерано. Папская курия настаивала на сохранении брака между Маргаритой и Иоганном Генрихом, и её новое супружество вызвало негодование политического противника Людвига Баварского папы римского Климента VI. Маргарита и её муж были отлучены от церкви, а на Тироль был наложен интердикт.
Скандальные обстоятельства изгнания первого мужа — Маргарита не впустила Иоганна Генриха, вернувшегося с охоты, в замок, в Тироле никто не дал ему убежища, он нашёл приют лишь у патриарха Аквилейского, и новый брак тирольской графини стали широко известны в Европе. Уильям Оккам и Марсилий Падуанский выступили в защиту Маргариты и её первого в истории средних веков «светского брака». Марсилий Падуанский написал сочинение, в котором утверждал, что император имеет право давать развод. С другой стороны, папа Климент VI, воспользовался этим инцидентом для того, чтобы опорочить своего противника и его семью и ослабить позиции императора в Европе.
В марте 1347 года Карл Люксембургский, брат первого мужа Маргариты, ставший к тому времени императором Священной Римской империи, вторгся в её владения и осадил замок Тироль. Однако Карл так и не сумел взять его и, отступая, преследуемый Людвигом, разорил Мерано и Боцен. Позднее Карл помирился с Людвигом и Маргаритой.
В 1348 году Иоганн Генрих, желая вступить в новый брак, обратился к папе с просьбой о разводе с Маргаритой. Причиной указывальсь кровное родство мужа и жены, Иоганн Генрих также признавал, что брак так и не был осуществлён, но отвергал обвинения в импотенции. Развод был оформлен 21 июля 1349 года. Однако ещё десять лет действовало отлучение от церкви Маргариты и Людвига и столько же не признавался папской курией их супружеский союз. Людвиг V, не желая конфликта с Габсбургами, восстановил мирные отношения с Австрией. При поддержке Альбрехта II, ходатайствовавшего перед папой Иннокентием VI, в 1359 году отлучение было отменено.
