Обучался в Штурманской роте в Николаеве, принимал участие в русско-турецких войнах 1811, 1828 и 1829 годов, а также в военных действиях 1833-1834 годов против кавказских горцев; заслужил известность деятельностью по описи Чёрного и Азовского морей, продолжавшейся с 1829 по 1841 год. Составленные им планы и карты подвергались изменениям, но ими до позднейшего времени руководствовались русские мореплаватели. 5 декабря 1841 года Манганари, находясь в чине капитана 1-го ранга, был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 6473 по кавалерскому списку Григоровича—Степанова).
С 1849 до 1857 год Егор Манганари был директором черноморских и азовских маяков. Дата смерти его невыяснена.
