В 1895 г. закончил Санкт-Петербургский Технологический институт. Служил инженером на Сормовских заводах — с 1907 г. начальником паровозо-технического бюро. Сын, Бронислав Брониславович Малаховский (1902—1937), известный архитектор и художник-карикатурист.
Б. С. Малаховский является создателем, помимо знаменитого С, многих русских паровозов. В их числе и сормовский вариант четырёхосного локомотива серии ? (ижица) с надстрочным индексом «с» (?С). Сормовская Ижица (1914 г.) оказалась самым мощным товарным паровозом серии и, одновременно, самым мощным паровозом с осевой формулой 0—4—0.
После революции, в 1919 г., Малаховский уехал из Нижнего Новгорода в Москву, став начальником отдела паровозостроения Государственного объединения машиностроительных заводов. Одновременно преподавал в Московском высшем техническом училище. В дальнейшем работал в руководящих организациях паровозостроительной промышленности, в ВСНХ и др. В 1934 году был по ложному обвинению репрессирован и расстрелян.
