Следствие (португальская полиция) сначала пришло к выводу, что Мэдлин была похищена силой. Затем полиция сообщила, что есть серьёзные основания полагать, что девочка умерла (или была убита) в номере.
Среди подозреваемых были: местный житель Роберт Мьюрат (с 15 мая 2007 года), а также родители Мэдлин — Кейт и Гарри Макканн (с 7 сентября того же года). Однако последним было разрешено уехать в Великобританию 9 сентября.
Со всех троих было снято подозрение 21 июля 2008 года, когда дело было официально закрыто.
Большое внимание прессы вызвало противоречие между версиями полиции и родителей Мэдлин (особенно после того, как они стали подозреваемыми).
