В 1584 году участвовал вместе с Кикиными в возмущении черни в Москве против Богдана Бельского. Брат Прокопия, Александр, помогал Шерефединову захватывать на Рязани чужие земли при царе Иване Грозном. Находился в оппозиции к правлению Бориса Годунова.
На службе Самозванца
После смерти Бориса в числе первых согласился с Петром Басмановым и Василием Голицыным перейти на сторону Лжедмитрия I. Прокопий Ляпунов имел большое влияние среди рязанских детей боярских, вместе с ним на сторону самозванца перешла дружина не только Переяславля-Рязанского, но и других рязанских городов (например, Ряжска). Позже к войску присоединились служилые люди из других южных городов. Находясь в войске под Кромами (1605), Прокопий Ляпунов во многом способствовал укреплению влияния Лжедмитрия I.
После убийства Лжедмитрия I Ляпунов не присягнул Василию Шуйскому и участвовал в движении Болотникова. Рязанские дружины под руководством Прокопия Ляпунова и Григория Сумбулова овладели Коломной, а затем, встретившись с основным войском Болотникова, подступили к Москве.
На службе у Шуйского
15 ноября 1606 года Прокопий Ляпунов предал Болотникова и перешел на сторону Василия Шуйского. Вслед за ним на сторону Шуйского перешли воеводы Сумбулов и Пашков, рязанцы и многие другие. Отряды Ляпунова приняли активное участие в разгроме армий Болотникова. Царь пожаловал Прокопию звание думного дворянина.
В июне 1607 года на речке Восме недалеко от Каширы вместе с воеводами князьями Б. М. Лыковым и А. В. Голицыным он принял участие в сражении с войском самозванца. Царское войско одержало победу. Весной 1608 года отряд рязанцев под руководством князя И. А. Хованского и Ляпунова осадил Пронск, занятый приверженцами самозванца. Осада была неудачной, и им пришлось отступить. Ляпунов был ранен в ногу и передал управление войском своему брату Захарию. С появлением польских отрядов Лисовского царь Василий дал указание Ляпунову сосредоточиться на защите Переяславля-Рязанского. Лисовский одержал верх в Зарайской битве и укрепился в Зарайске. К Москве подошло войско Лжедмитрия II и расположилось в Тушино. Во время московской осады царь часто обращался за поддержкой рязанских воевод, требуя от них поставок продуктов и подкрепления. В это время Ляпунов был неоднократно благодарим царём за верность и усердие. В мае 1609 года Ляпунову было велено идти из Рязани к осаждаемой поляками Коломне.
Участие в Семибоярщине
В конце 1609 года Ляпунов отправил в Александровскую слободу грамоту для находящегося там со своим войском князя М. В. Скопина-Шуйского. В грамоте Ляпунов величал Скопина не князем, а царём, поздравляя его с царством. Через четыре месяца князь Скопин внезапно заболел и умер. Ляпунов начал распространять грамоты в разные города, в которых обвинял царя Василия Шуйского в отравлении. Вместе с В. В. Голицыным Прокопий начал готовиться к восстанию против царя. Посланец к находившимся в Москве брату Прокопия Захарию и князю Голицыну побудил их 17 (27) июля 1610 сместить царя. Государственная власть полностью перешла к боярской думе.
Ляпунов положительно отнёсся к решению думы об избрании польского королевича Владислава на царствование, отправил своего сына Владимира с приветствием к Жолкевскому, активно занимался снабжением находящегося в Москве польского войска припасами.
В это время в рязанских землях казацкие войска, пришедшие в поддержку Лжедмитрия II, занимают города, в том числе и Пронск. Ляпунов отнимает у них Пронск, но затем выдерживает в нём осаду, из которой его освобождает подошедшая из Зарайска дружина под руководством воеводы Дмитрия Пожарского. Смерть Лжедмитрия II в конце 1610 года и возвращение из под Смоленска многих земских представителей, входивших в состав великого посольства, сильно повлияли на на дальнейший ход событий.
Первое ополчение
В январе 1610 года московские бояре сообщили польскому королю Сигизмунду о восстании Ляпунова в Рязани. Идеологической поддержкой антипольского мятежа стали грамоты Патриарха Гермогена, который призывал восстать против изменников-бояр за православную веру.
В отсутствие царя (ополчение не признавало законным царём Владислава IV) созвал Земский собор для избрания нового царя и возглавил правительство в отсутствие царя, став таким образом диктатором Руси. Правление Ляпунова, однако, вскоре вызвало недовольство казаков (которым он обещал широкие привилегии, но после прихода к власти не стал выполнять обещание), в связи с чем вскоре был убит.
