Лидеккер родился в Лондоне, в 1872 году в Тринити-колледже прослушал курс естественных наук (англ.). В 1874 году он начал работу в Геологической Службе Индии (англ.), где и начал исследования палеозоологии позвоносных Серверной Индии (в особенности Кашмира). Он был ответственным за каталогизацию ископаемых млекопитающих, рептилий и птиц в Музее Естествознания в Лондоне.
Лидеккер внес большой вклад в биогеографию. В 1895 году он провёл биогеографическую границу между группой Индонезийский островов, известных как Wallacea (англ.) и Австралийской фаунистической областью, ныне известной как линия Лидеккера.
