Происхождение
Франц Яковлевич Лефорт родился в 1656 году в Женеве в семье торговца Жака Лефорта (1618—-1674). До 14 лет он учился в женевском коллегиуме (то есть средней школе, в которой преподавались некоторые предметы высшего учебного заведения), а затем был отправлен в Марсель для обучения торговле. Однако это занятие было не по душе молодому человеку. Высокий, красивый, наделенный недюжинной физической силой, юноша мечтал о военной службе и знакомстве с великими мира сего. Присущие ему ум, веселый нрав, смелость и предприимчивость способствовали осуществлению его честолюбивых планов.
Начало карьеры
В 1674 году Лефорт вопреки воле семьи уехал в Голландию и начал свою военную карьеру в свите курляндского герцога Фридриха-Казимира. Однако вскоре по совету голландского полковника ван Фростена молодой честолюбец решил попытать счастья на военной службе в далекой Московии. Прибыв в русскую столицу в чине капитана, он поселился в Москве, в Немецкой слободе. В дальнейшем его судьба сложилась так, что он прочно осел в России, выучил русский язык, женился на дочери подполковника Сугэ Елизавете.
В отсутствие крупных военных операций Лефорт служил некоторое время в должности секретаря датского резидента (дипломата). Но с конца 1678 года он был назначен командиром роты в составе киевского гарнизона. В Киеве он служил два с половиной года, участвовал в военных походах и стычках с крымскими татарами, не раз подвергаясь опасности. Получив в 1681 году отпуск и приехав в Женеву, молодой военный показал себя отличным наездником и великолепным стрелком из лука. Родственники уговаривали его остаться в Европе, но он решительно отказался, заявив, что не может нарушить слово, данное им русскому государю.
По возвращении в Россию Лефорт уже не застал в живых царя Федора Алексеевича. Фактически от имени малолетних царей-братьев Ивана и Петра Алексеевичей правила их сестра царевна Софья. Женевца взял под своё покровительство фаворит Софьи — князь В. В. Голицын, известный своим пристрастием к европейской культуре. В 1683 году Лефорт дважды был повышен по службе: произведен сначала в майоры, а затем в подполковники. Эти события были отмечены шумными пирами в Немецкой слободе.
В 1687 и 1689 годах Голицын предпринял два неудачных похода на Крым. При нём безотлучно находился Лефорт, который после первого похода был произведен в полковники и получил награду. Второй же Крымский поход был закончен в самый разгар борьбы между Петром и Софьей. В начале августа 1689 года молодой царь, опасаясь низложения и ареста, ускакал в Троице-Сергиев монастырь (смотри: Петр I). 4 сентября вместе со своим родственником генералом Патриком Гордоном в монастырь пришёл и Лефорт, и отныне его судьба была неразрывно связана с деятельностью юного самодержца.
Друг молодого царя
К осени 1689 года Петр сблизился со своими новыми знакомыми — Гордоном и Лефортом. Это встретило противодействие со стороны патриарха Иоакима, блюстителя старых московских обычаев, решительно возражавшего против подобной дружбы с иноземцами — «безбожными еретиками». После смерти патриарха в 1690 году Петр начал открыто посещать Немецкую слободу, где бывал в гостях сначала у Гордона, а затем всё чаще у Лефорта. Столь небывалое по тем временам поведение московского государя поражало всех приверженцев старых обычаев. Но молодого государя неодолимо тянуло ко всему европейскому.
Естественно, что Лефорт получал различные знаки дружбы и милости царя. В 1690 году по случаю рождения царевича Алексея Петровича ему был пожалован чин генерал-майора. В связи с частыми собраниями и пирами появилась необходимость расширить его небольшой дом на берегу Яузы. Петр дал деньги на пристройку к зданию большой залы, отделанной с небывалым великолепием: изумительные обои, дорогая скульптура, шикарная мебель, обилие серебряной посуды, оружия, картин, зеркал, ковров и других предметов роскоши. Лефорт писал родным в Женеву, что в его резиденции есть сад с прудами, парк, где содержатся различные дикие звери. У него большое количество прислуги, «рабы и рабыни», которые «все освобождены» им. Бывая у своего друга, Петр чувствовал себя легко и свободно, отдыхал от надоевшего ему старого московского уклада. Соотечественник Лефорта капитан Сенебье писал: «При дворе только и говорят о его величестве и о Лефорте. Они неразлучны… Пока Москва остается Москвой, не было в ней иностранца, который пользовался бы таким могуществом. Он приобрел бы большое состояние, если бы не был так великодушен. Верно, конечно, что благодаря этому качеству он достиг такой высокой ступени. Его величество делает ему значительные подарки».