В 1856 доктор философии, в 1862 — почётный доктор медицины, в 1868 назначен ординарным профессором физиологии в Амстердаме, а в 1871 занял кафедру физиологии в Гейдельберге, где и пробыл до своей смерти. Весьма ценные научные труды Кюне касаются гистологии нервной и мышечной системы, строения протоплазмы, физиологии органов чувств и разных других областей. Некоторые его труды сделаны совместно с российским профессором М. М. Рудневым.
Его наиболее интересные работы: «Myologische Untersuchungen» (Лпц., 1860); «Ueber die peripherischen Endorgane der motorischen Nerven» (ib., 1862); «Untersuchungen ?ber das Protoplasma und die Contractilit?t» (ib., 1864); «Lehrbuch der physiologischen Chemie» (ibid., 1866—1868); «Physiologie des Gesichtssinnes» (в «Handbuch der Physiologie», Германна). С 1877 по 1882 Кюне издавал журнал «Untersuchungen aus dem physiologischen Institute zu Heidelberg» (4 т.), в котором и появилось большинство его исследований.
