Музыкой начал заниматься под руководством отца, Шарля Куперена, и после его смерти занял место органиста в парижской церкви Сен-Жерве. Достигнув больших успехов, Куперен несколько лет спустя получил место придворного органиста, а ещё через некоторое время — также придворного клавесиниста. В 1730 году вышел в отставку, передав своё место дочери, Маргарите-Антуанетте.
Основные сочинения Куперена написаны для клавесина — более 250 пьес различного характера, которым автор давал программные заголовки: «Бабочки», «Жнецы», «Верность», «Ветряные мельницы» и др. Стиль этих сочинений отличался лёгкостью, изяществом и выразительностью, и они быстро получили огромную известность не только во Франции, но и за границей. За выдающееся исполнительское и композиторское мастерство современники называли музыканта «великий Куперен». Перу композитора принадлежат ряд оркестровых сочинений (в том числе «Королевские концерты»), трио-сонаты, мессы, сочинения для органа и другие произведения. Куперен также является автором ряда теоретических работ и трактата «Искусство игры на клавесине».
