2001—2004
Дебютировал в феврале 2001 года.
В декабре 2003 года Котто в 8-м раунде нокаутировал Карлоса Мауссу.
В феврале 2004 года он в 4-м раунде нокаутировал Викториано Сосу.
В мае 2004 года Котто в элиминаторе победил по очками Лавмора Нду.
11 сентября 2004 Мигель Анхель Котто — Кельсон Пинто
- Место проведения: Колисео Хосе Мигель Аргелот, Хато Рэй, Пуэрто-Рико
- Результат: Победа Котто техническим нокаутом в 6-м раунде в 12-раундовом бою
- Статус: Чемпионский бой за вакантный титул WBO в 1-м полусреднем весе
- Рефери: Роберто Рамирес
- Время: 0:32
- Вес: Котто 63,50 кг; Пинто 63,00 кг
- Трансляция: HBO BAD
- Счёт неофициального судьи: Харольд Ледерман (39—36 Котто) - оценки после 5-го раунда
В сентябре 2004 года в Пуэрто-Рико состоялся бой за вакантный титул WBO в 1-м полусреднем весе между непобежденными боксёрами - местным бойцом Мигелем Анхелем Котто и бразильцем Кельсоном Пинто. В конце 2-го раунда Котто провёл двойку - правый хук в челюсть, и затем левый туда же. Пинто упал на канвас. Он же поднялся, и оперившись на канат, едва снова не упал. Котто не смог добить противника. В конце 5-го раунда Котто провел несколько серий ударов в голову противника. Бразилец падая, упёрся в противника, а затем, пытаясь устоять, пролетел полринга. Пинто сразу же поднялся. Рефери отсчитал нокдаун. В начале 6-го раунда Котто запер бразильца в углу и обрушил град ударов. Под воздействием ударов Пинто упал на канвас. Бразилец смог подняться, но находился в прострации. Рефери прекратил поединок.
2004
В декабре 2004 года Котто в 6-м раунде нокаутировал Рэнделла Бейли.
26 февраля 2005 Мигель Анхель Котто — Демаркус Корли
- Место проведения: Колисео Рубен Родригес, Баймон, Пуэрто-Рико
- Результат: Победа Котто техническим нокаутом в 5-м раунде в 12-раундовом бою
- Статус: Чемпионский бой за титул WBO в 1-м полусреднем весе (2-я защита Котто)
- Рефери: Исмаэль Куинонес Фалу
- Счет судей: Сезар Рамос (38—35), Майкл Перник (38—35), Стюарт Уинстон (38—34) — все в пользу Котто
- Время: 2:45
- Вес: Котто 63,50 кг; Корли 62,10 кг
- Трансляция: HBO BAD
- Счёт неофициального судьи: Харольд Ледерман (37—35 Котто)
В феврале 2005 года в Пуэрто-Рико Мигель Котто встретился с Демаркусом Корли. В начале 1-го раунда Котто провёл правый хук в грудь и затем левый в голову. Корли опустился на колено, но сразу же поднялся. Рефери отсчитал нокдаун. В конце 5-го раунде Котто провел левый хук в корпус и Корли опустился на колено. Рефери отсчитал нокдаун. Корли с ним не согласился. Сразу же после возобновления поединка Котто пошёл на противника. Уходя от ударов, Корли вновь опустился на колено. Рефери прекратил поединок, не открывая счёта. Корли вновь не согласился с решением рефери. Остановка была спорной. Комментатор HBO Ларри Мерчант назвал остановку боя позорной (англ. stoppage disgrace).
11 июня 2005 Мигель Анхель Котто — Мухаммадкадыр Абдуллаев
- Место проведения: Мэдисон Сквер Гарден, Нью Йорк Сити, Нью-Йорк, США
- Результат: Победа Котто техническим нокаутом в 9-м раунде в 12-раундовом бою
- Статус: Чемпионский бой за титул WBO в 1-м полусреднем весе (3-я защита Котто)
- Рефери: Джонни Каллас
- Счет судей: Мелвина Лейтэн (79—73), Джули Ледерман (79—73), Денни Нелсон (78—74) — все в пользу Котто
- Время: 0:57
- Вес: Котто 62,90 кг; Абдуллаев 62,90 кг
- Трансляция: HBO BAD
- Счёт неофициального судьи: Харольд Ледерман (78—74 Котто)
