Биография
Родился в ассимилированной еврейско-польской семье. Впоследствии сам Кон вспоминал о своем детстве:
Учился во II-й Варшавской гимназии. После окончания гимназии поступил в Варшавский университет. Во время учёбы в университете стал членом польской социалистической партии «I Пролетариат». Контактировал с народнической организацией «Народная воля».
Каторга и ссылка
В 1884 году был арестован и приговорен к 10 годам каторжных работ. В 1886 году был доставлен в Нижне-Карийскую тюрьму. Во время Карийской трагедии выступил инициатором отравлений политкаторжан в знак протеста против применения к ним телесных наказаний. В числе 16 узников-мужчин принял яд, но остался жив. До 1891 года был на Карийской каторге.
По окончании срока каторги был обращён на поселение в село Чурапча в 150 километрах от Якутска. В январе 1892 года оформил брак с Х. Г. Гринберг, участницей процесса «17-ти». За участие в протестах ссыльных отправлен на поселение в Намский улус.
С 1895 года по 1897 год жил в Иркутске, где по приглашению редактора И. И. попова принимал участие в редакционной коллегии «Восточного Обозрения». В июне 1897 переехал в посёлок Балаганск, где занимался изучением быта, обычаев и фольклора местных жителей. Написал очерки «Под дамокловым мечом», «Не по тому пути». С 1897 года по 1904 год жил в Минусинске под надзором полиции.
Научная деятельность
В ссылке Ф. Я. Кон занимался исследованиями коренного и русского старожильческого населения Сибири. В 1892 году провёл надворную перепись в Хатын-Арынском селении. Эти материалы использовались при подготовке реформы крестьянского управления в Якутской области.
В 1894 году, несмотря на отказ властей, участвовал в экспедиции Сибирякова для изучения населения Якутской области. Проводил антропологические исследования. В Минусинске проводил этнографические исследования хакасов и тувинцев, работал в архиве Минусинского краеведческого музея.
В 1899 году с помощью Восточносибирского отдела РГО организовал экспедицию для изучения сойотов. В Туве собирал экспонаты для Этнографического отдела Русского музея в Санкт-Петербурге. Изучал архив Усинского пограничного управления.
После ссылки
После окончания срока ссылки в 1904 году вернулся в Варшаву и активно занялся политической деятельностью. Примкнул к оппозиции в Польской социалистической партии. Был редактором партийной легальной газеты «Курьер Цодзенный», принимал участие в редактировании нелегального «Работника». С 1906 года Кон был членом ЦК ППС, участвовал в работе Петербургского совета рабочих депутатов во время революции 1905—1907 годов. На съезде ППС в 1906 вместе с другими добился исключения Пилсудского из партии, что привело к её расколу. После раскола ППС избран председателем ППС-левицы.
В 1906 году был арестован на митинге на заводе. Был отпущен до суда на поруки и бежал в австрийскую Галицию. С 1907 года по 1917 год находился в эмиграции. Галицийская часть ППС возглавлялась сторонником Пилсудского Игнатием Дашинским, и к Кону, принадлежавшему к соперничающей фракции относились с подозрением и не подпускали к работе.
Кон работал директором рабочей больничной кассы в Дрогобыче и Бориславе, был избран в местный, а затем областной комитет ПСДП.