Происходил из древнего дворянского рода Колюбакиных. Получил образование в Павловском военном училище. Долго служил на Кавказе; принимал участие в Турецкой войне 1877—1878 гг., кавалер орденов Святой Анны III степени и Святого Владимира IV степени. В 1885 г. окончил Академию Генерального штаба, а в 1897 г. стал её профессором по кафедре военного искусства.
После революции вместе с частью преподавателей и слушателей Академии покинул Петроград и оказался в Сибири, где 26 января 1919 года приказом адмирала Колчака был назначен исполняющим обязанности начальника Академии. В 1921 г. занял должность профессора истории в Дальневосточном университете (Владивосток).
Колюбакину принадлежит широкий круг работ по истории войн и военного дела. Особое значение имеют его труды, посвященные Отечественной войне 1812 года: к 100-летнему юбилею Бородинского сражения Колюбакин по поручению Императорского Российского Военно-исторического общества подготовил подневную хронику Бородинской операции с 8 по 26 августа 1812 года, составившую три тома (с V-го по VII-й) Трудов ИРВИО (окончание хроники, за 24—26 августа, осталось неопубликованным). Борис Колюбакин был также основным консультантом Франца Рубо при создании панорамы Бородинской битвы. Колюбакиным переведены на русский язык и опубликованы воспоминания нескольких участников Бородинского сражения.
Другие работы Колюбакина по военной истории включают воспоминания о Турецкой войне — в частности, «Воспоминания офицера Кобулетского отряда» (1897) и «Эриванский отряд в кампании 1877—78 гг.» (1893—1895), очерки о знаменитых сражениях (Гангут, Полтава, Прейсиш-Эйлау) в журнале «Русская старина».
Другая часть работ Колюбакина посвящена военной теории: «Ведение боя на почве постановки вопроса в войсках германской армии» (1901, 3-е издание 1909), «Современная постановка вопроса об организации и соразмерности кавалерии» (1900, «Свойство и боевое употребление скорострельной артиллерии» (1905), «История военного искусства» (Томск, 1919) и др. Последним опубликованным сочинением Колюбакина стала брошюра о Гае Юлии Цезаре (Владивосток, 1922).
Награды
- ордена Св. Станислава 3-й ст. с мечами и бантом (1877);
- Св. Анны 3-й ст. с мечами и бантом (1878);
- Св. Владимира 4-й ст. с мечами и бантом (1879);
- Св. Станислава 2-й ст. (1889);
- Св. Анны 2-й ст. (1893);
- Св. Владимира 3-й ст. (1896);
- Св. Станислава 1-й ст. (1904);
- Св. Анны 1-й ст. (31.01.1912);
- Св. Владимира 2-й ст. (ВП 22.03.1915; с 01.01.1915).
