О ранних годах жизни Николая Васильевича Комарова информации мало, известно что родился он в селе Комарово (ныне часть г. Тюмень) Тобольской губернии, получил начальное образование, затем поступил в Омское училище армейских прапорщиков.
С 1850 года проходил службу на Дальнем Востоке, в составе специальной роты занимался созданием и устройством военных постов на реке Амур. В 1858 году находился в Хабаровске, в 1859 году в Софийске, в 1860 в Николаевске-на-Амуре.
20 июня 1860 года прапорщик Комаров вместе с группой солдат был доставлен на корабле «Маньчжур», под командованием капитан-лейтенанта Шефнера в бухту Золотой Рог и высажен на берег для организации военного поста. Позже, 1 ноября 1860 года, он доложил начальству что под его руководством построена одна казарма, кухня, офицерский дом из елового леса, крытый тёсом. Также он передал план построенных и запланированных построек военного поста, получившего название Владивосток.
Весной 1861 года на клипере «Японец» в военный пост Владивосток с инспекцией прибыл майор Николай Николаевич Хитрово. Между прапорщиком Комаровым и майором Хитрово возникла личная неприязнь на фоне постоянного пьянства прапорщика. Майор уличил Комарова в хищении полутора ведёр казённого спирта, Комаров обязался возместить за свой счёт украденный спирт, но вскоре майор Хитрово обнаружил пропажу оставшегося спирта. Конфликт достиг высшей точки, и майор принял решение отстранить прапорщика Комарова от командования постом, Комарову об отставке было объявлено 20 июня 1861 года (годовщина высадки Комарова), считается что эта дата была выбрана не случайно и майор хотел унизить этим фактом прапорщика Комарова. Взамен Комарова был назначен Евгений Степанович Бурачек, 22 июня 1861 года сошедший на берег по медицинским показанием с клипера «Разбойник». Следует отметить что о пьянстве и нарушениях прапорщика Комарова известно только из докладов майора Хитрово, и вследствие конфликта возможно произошедшего между ними данные могут быть не совсем точными.
В дальнейшем прапорщик Комаров со своим отрядом строителей был переведён на реку Уссури для строительства новых пограничных постов на границе с Китаем.
В 1875 году Николай Комаров вышел в отставку в звании капитан-инженера.
В 1880 году в честь прапорщика Комарова во Владивостоке была названа улица — Комаровская. Впоследствии эта улица была переименована в Бородинскую, потом в Геологов, но в 1985 году улицу вновь назвали в честь Николая Васильевича — улица прапорщика Комарова.
