Журналистика
В августе 2007 года была выслана из Азербайджана во время работы над материалом об оппозиции и талышах. Сама Амелина в своём журнале писала, что причиной высылки стали её встречи с Фахраддином Абосзодой. По её словам, интерес журналистов к этой теме вызывает «нездоровую реакцию» властей Азербайджана.
В 2008 году во время войны в Южной Осетии посетила подвергшийся грузинскому нападению Цхинвал, заявив, что с российской стороны в конфликте участвовали солдаты-срочники. Амелина на БМП побывала на спецоперации вместе с бойцами чеченского батальона «Восток».
12 февраля 2009 года Амелина получила специальный приз на церемонии награждения лауреатов премии в области печатной прессы «Искра» как лучший военный корреспондент.
Общественная деятельность
Переехала из Москвы в Казань. Ведёт блоги, заметки, переписывается с читателями.
Критика
Некоторые деятели обвиняют Амелину в «исламофобии». В марте 2011 года представители «Прикамского правозащитного центра» подали заявление в Следственный комитет при прокуратуре Российской Федерации, требуя возбудить уголовное дело против Амелиной по ст. 285 (злоупотребление должностными полномочиями), ст. 286 (превышение должностных полномочий), ст. 282 (возбуждение ненависти либо вражды, а равно унижение человеческого достоинства) УК РФ. 4 апреля 2011 года Следственное управление Следственного комитета по Республике Татарстан отказало в возбуждении уголовного дела за отсутствием состава преступления.
Сама Амелина полагает, что за обвинителями стоит адвокат, специализирующийся на защите обвиняемых в преступлениях, связанных с исламским экстремизмом. По мнению агентства REGNUM, «столь бурное недовольство фундаменталистов, попытавшихся „нейтрализовать“ Яну Амелину, вызывает ее деятельность по разоблачению идеологии радикального исламизма, а также „исламистского лобби“, сформировавшегося в последние годы из представителей СМИ, а также общественных и экспертных структур».
