Родился в семье военных. Закончил Московское Высшее общевойсковое Краснознаменное орденов Ленина и Октябрьской революции командное училище имени Верховного Совета РСФСР в 1986 году, там же познакомился с Андреем Луговым. По окончании училища был направлен для прохождения службы в Чехословакию.
Был на встрече с А.Литвиненко 1 ноября 2006 года. 9 декабря 2006 года немецкая полиция сообщила о том, что в доме бывшей жены Ковтуна в Гамбурге и в доме ее матери в Хазелау были обнаружены следы радиации, однако в собственной квартире Ковтуна следов радиации обнаружено не было. 10 декабря против него возбудили уголовное дело по подозрению в хранении и перевозке радиоактивных веществ на территории Германии, но спустя некоторое время дело было закрыто. Сам Ковтун свою причастность к убийству Литвиненко отрицает. Утверждает, что службу в ФСБ России не проходил.
