С середины 1640-х годов пребывал с матерью и братьями на континенте, где воспитанием его заведовал Эдвард Хайд. После казни отца (1649) признан Шотландией как его законный преемник; в 1650 году прибыл в Шотландию и был там коронован, однако войска Кромвеля вторглись туда и разгромили шотландских сторонников Карла (1651); он некоторое время скрывался в Англии (за его голову была назначена огромная награда), после чего бежал во Францию.
Вернулся в Англию после реставрации, организованной генералом Монком, и вступил на престол в день, когда ему исполнилось тридцать лет (29 мая 1660 года). По совету Эдварда Хайда, сделанного первым министром, объявил амнистию всем деятелям правительства отца и сына Кромвелей, кроме цареубийц, голосовавших за казнь его отца: оставшиеся в живых участники суда над Карлом I были казнены, а тела покойных, включая останки самого Оливера Кромвеля, были вырыты из могил, повешены и четвертованы.
Управление страной поручил олигархической группировке из пяти человек (министерству Кабаль, англ. Cabal, по первым буквам фамилий). Оценки Карла как правителя противоречивы: одни историки считают его слабым и реакционным королём, другие, напротив, одним из наиболее выдающихся государей Британии: при нём установилось разделение властей между королём и парламентом, сформировались политические партии тори и вигов.
Своей симпатией к католицизму Карл II настроил против себя англиканских членов парламента, а переговоры с французским королем вызвали новую волну возмущений. В 1670 году в Дувре был подписан тайный англо-французский договор, в котором Карл Второй обещал помириться с Римом, как это позволят государственные дела. За это Людовик XIV пообещал выплачивать английскому королю ежегодный пенсион в 150 000 фунтов. После подписания договора, в 1672 году Англия неожиданно объединилась с Францией и объявила войну протестантской Голландии.
Важнейшее политическое событие его царствования — принятие Хабеас корпус акта (1679). Англия переживала экономический расцвет и территориальную экспансию в колониях. К концу его царствования всё большую политическую власть сосредоточил в своих руках непопулярный младший брат короля, католик герцог Йоркский. Сам Карл за несколько дней до смерти также принял католицизм.
Карл II был известен как «весёлый король» (англ. the Merry King). Имея большое число любовниц и внебрачных детей (признал себя отцом четырнадцати), Карл давал тем и другим герцогские и графские титулы, сильно умножив сословие пэров Великобритании. Однако от законного брака с дочерью Жуана IV Португальского, Екатериной Брагансской, он потомства не оставил, и после смерти короля на престол вступил его брат, герцог Йоркский, ставший Яковом II. Один из бастардов Карла II, Джеймс Скотт, 1-й герцог Монмут, после смерти отца поднял мятеж и провозгласил себя королём, однако потерпел поражение и был казнён по приказу дяди.
