Биография
Родился в семье учителя гимназии, коллежского асессора.
По окончании полного курса наук в Санкт-Петербургской духовной семинарии в 1887 году Петр поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию при Александро-Невской Лавре.
28 сентября 1888 года, по благословению митрополита Санкт-Петербургского Исидора (Никольского), Пётр Колоколов принял монашеский постриг в Троицком соборе Лавры, с наречением имени Исидор. 17 октября того же года рукоположен в сан иеродиакона.
В сане иеродиакона он служил в Александро-Невской Лавре в течение трёх лет, и 28 апреля 1891 года был рукоположен в иеромонаха.
Завершив академический курс со степенью кандидата богословия, был назначен преподавателем Тифлисской духовной семинарии. В 1892 году — инспектор той же семинарии.
В 1893 году — исполнял должность инспектора в Санкт-Петербургской духовной академии. В том же году возведён в сан архимандрита и утвержден инспектором академии, но вскоре уволен по протесту студентов. Определён в распоряжение Ставропольского преосвященного для исполнения обязанностей епархиального миссионера.
С 1894 года — управляющий Кавказским миссионерским монастырём.
С 1896 года — настоятель Переяславского Никитского монастыря Владимирской епархии.
С 1900 года — настоятель Златоустова монастыря.
12 мая 1902 года хиротонисан в епископа Новгород-Северского, викария Черниговской епархии.
С 4 ноября 1903 года — епископ Балахнинский, викарий Нижегородской епархии.
С 10 ноября 1906 года — епископ Михайловский, викарий Рязанской епархии.
26 мая 1911 года за неподобающее сану поведение лишён кафедры епископа Михайловского и 19 октября откомандирован в распоряжение преосвященного Омского с назначением местопребывания в Покровском общежительном монастыре, а 9 декабря назначен управляющим Омским Покровским монастырем.
Из письма историка церкви, член-корреспондент Имп. АН.Глубоковского Н. Н. .
…помимо всего прочего занимался педерастией с одним студентом (Пинчуковским из гимназистов, потом кончившим Военно-Медиц. Академию), как удостоверяет письменно этот последний. По настоянию всех студентов Исидор был удален исключительно вмешательством Обер-Прокурора, но монахи нашли это несправедливым ( — «велика штука побаловаться немного»: так говорил Антоний волынский—) и скоро устроили его епископом викарием черниговским, откуда он переведен в Нижний Новгород, где — даже по газетным известиям — творил дела неописуемые…
Из дневника начальника архива Св. Синода Львова А. Н. .
Не хочется как-то верить случившемуся, хотя, к сожалению, это факт. Притычкинский пострижснник-ставленник и палладиевский любимец, новоиспеченный архимандрит, I инспектор Академии Исидор попался в педерастии с студентом 1-го курса. Когда дело обнаружилось и доложили Палладию, то он будто бы сказал: «Всю Академию разгоню, никого и ничего не оставлю, а Исидора не позволю тронуть». Однако студенты, составив круговую между собою поруку, то есть подписавши акт о действиях Исидора, в количестве более сотни человек, заявили об этом письменно Об[ер]-Прокурору
В июне 1913 года освобождён от управления монастырём с назначением местопребывания в Александро-Невском Фигейском монастыре Вятской епархии.
В декабре того же года перемещён в Трифоновский Успенский монастырь, той же епархии.
В 1916 году назначен управляющим на правах настоятеля Тюменского Свято-Троицкого монастыря, где судьба уготовила ему встречу со знаменитым Григорием Распутиным, который часто посещал Тюменский монастырь, поскольку являлся крестьянином Тобольской губернии.